Genepidgin

Genepidgin 1.1.1

Genepidgin 평가 및 대입 유전자 제품 이름에 도움이 파이썬 도구입니다 & NBSP; 세 가지 주요 구성 요소가 있습니다. :genepidgin * 청소기 *& NBSP는; UNIPROT 명명 지침에 따라 유전자 이름을 표준화genepidgin * 비교 *& NBSP에서는 유전자 이름 둘 이상의 집합을 비교genepidgin * 선택 *& NBSP; 동성 증거 격의에서 가장 적절한 제품 이름을 선택현재의 개발 상태를 포함 자세한 내용은,...

STEPS

STEPS 1.3.0

STEPS는 임의의 복잡한 3D 형상의 반응 - 확산 시스템의 정확한 확률 적 시뮬레이션을위한 패키지입니다. 우리의 핵심 시뮬레이션 알고리즘은 길레스피의 SSA의 구현, 3D 사면체 메쉬의 요소를 분자의 확산에 대처하기 위해 확장.그것은 주로 수상 돌기 및 시냅스 주변 신경 신호 전달 경로의 상세한 모델을 시뮬레이션하기 위해 개발되었지만, 그것은 일반적인 도구와 공간적 기울기 및 형태가 역할을하는 것으로 생각되는 임의의 생화학 적 경로를 연구에 사용될...

TRMiner

TRMiner 1.1

. TRMiner 파이썬 과학적 데이터 큐레이터 목표로 유틸리티 & NBSP이다 그것은 급속하게 주어진 광산 목표에 대한 관련 문장에 과학 출판물의 큰 컬렉션을 치기 할 수 있습니다.이것은 두 단계로 이루어진다. 첫째, 텍스트 관련 단어 토큰의 시퀀스로 tranlated된다. 둘째, 정규 표현식 패턴은 토큰의 순서로 검색됩니다. 일치는 자연 언어 문장으로 다시 번역 및 수동 큐레이터가 정렬하고 그 외의 읽을 거리 및 정보 추출을위한 속도 일치 할 수...

정보학 벤치 마크 시스템은 적절한 테스트 프레임 워크, 테스트, 및 데이터를 구축하는 그 시스템의 성능을 조사하기 위해 최종 사용자와 벤더를 사용하려는 시도가있다.무엇을 우리가하려고하는 것은 테스트를위한 프레임 워크, 모든 다운로드 및 시스템 성능의 특정 요소를 조사하는 데 사용할 수 있습니다 테스트의 핵심 세트를 만드는 것입니다.또한,이 시험에 대한 소스는 GPL에 따라 사용할 수 있으며, 아이디어는 쉽게 측정 및 조정 이유로 의미있는 테스트를...

Staden Package

Staden Package 1.7.0 / 2.0.0 Beta 8

Staden 패키지는 DNA 서열 어셈블리 (Gap4), 편집 및 유닉스, 리눅스,에서라도 및 MS Windows 용 분석 도구 (스핀)의 완전히 개발 세트입니다.Gap4 측면에서 관련 합류 몇 가지 사소한가 있었다어떻게 점수의 개선은 내부 조인하고 찾기를 조인가입 편집기에서 정렬 버튼의 기능을 제공합니다.또한 gap4에 결과의은 (io_lib 할 수있는 다양한 변화입니다다양한 추적 파일 형식에 대한 모든 I / O를위한 라이브러리). 추가함으로써실험...

AREM

AREM 1.0.1

AREM는 (칩 서열 데이터에 대한 모델 기반 분석) 맥을 기반으로합니다.염색질 면역 침전 (칩 서열)에 결합 높은 처리량 시퀀싱 널리 게놈 전반 전사 인자, 보조 인자, 염색질 개질제 및 다른 DNA 결합 단백질의 결합 패턴을 특징으로 사용된다. 칩 서열 데이터 분석의 주요 단계는 참조 게놈 단편 높은 처리량 시퀀싱로부터 판독 매핑 짧은 읽기 풍부 피크 영역을 식별하는 것이다.몇 가지 방법이 칩 - 서열 분석을 위해 제안되었지만, 대부분의 기존 사내...

MetagenomeDB

MetagenomeDB 0.2.2

. MongoDB를 데이터베이스 위에 추상화 계층으로 MetagenomeDB 행위 MetagenomeDB 쉽게를 & nbsp, 저장, 검색 및 metagenomic 시퀀스를 주석하기위한 파이썬 라이브러리입니다. 그것은 개체, 즉 시퀀스와 컬렉션의 두 가지 유형을 만들고 수정하고 연결하는 API를 제공합니다 :& NBSP; * 시퀀스 (순서 클래스)가 될 수 읽기, 콘티, PCR 클론 등& NBSP * (컬렉션 클래스) 시퀀스들의 세트를 나타내는 수집;...

Seal

Seal 20120307

인감 하둡에 서열 정렬을 제공하는 파이썬 모듈이다.인감 생물학적 서열 정렬을위한 맵리 듀스의 응용 프로그램입니다. 그것은 Pydoop을 통해 하둡 (http://hadoop.apache.org) (http://pydoop.sourceforge.net), 하둡을위한 파이썬 맵리 듀스와 HDFS API에서 실행 이 요구 사항 :. ...

misopy

misopy 0.4.9

MISO (이성체의 혼합물)의 발현 수준 & NBSP을 quantitates 파이썬으로 작성된 확률 프레임 워크이다 RNA-SEQ 데이터로부터 선택적으로 접합 유전자의 샘플을 통해 차별적 규제 동종 또는 엑손를 식별합니다.RNA-SEQ의 이성체로부터 생성되는 판독함으로써 생성 적 프로세스를 모델링함으로써, MISO 모델 판독이 특정 이성체에 유래하는 확률을 계산하기 위해 베이 즈 추론을 사용한다.MISO 대체 mRNA의 동종의 기본 세트의 풍부함을...