tigreBrowser는 티 그레 R 패키지의 결과에 대한 유전자 발현 모델 브라우저입니다 (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
설치 :
tigreBrowser 파이썬 버전> = 2.5가 필요합니다. tigreBrowser는 다음 명령으로 설치할 수 있습니다 :
파이썬 설치 setup.py
(예를 들어, 현재 사용자에 대한 루트 권한없이 설치) 파이썬 모듈을 설치하는 방법에 대한 자세한 내용은 http://docs.python.org/install/ 참조
시작 서버
tigreBrowser에 포함 된 웹 서버는 실제 결과 브라우저를 사용하기 위해 실행되어야한다.
당신은 티 그레 R 패키지 (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html)에 의해 생성 된 데이터베이스 파일이 필요합니다. 이 패키지는 tigreBrowser을 테스트하는데 사용되는 테스트 데이터베이스 파일 'database.sqlite'를 포함. 테스트 데이터베이스는 티 그라 패키지에 포함 명령어 및 데이터의 예를 사용하여 생성 하였다.
서버의 그래픽 사용자 인터페이스를 시작 tigreServer.py를 실행한다. 결과 브라우저를 시작하기 위해, 먼저 한 결과를 도시한다있는 데이터베이스 파일을 선택한다. 이는 '열기 데이터베이스 파일'을 선택하고 데이터베이스 파일을 선택함으로써 달성 될 수있다. 데이터베이스 파일 쓰기 권한이 없습니다해야합니다. 서버는 다음 '서버를 시작합니다'를 클릭하여 시작할 수 있습니다. 클릭하면, 라벨 결과 브라우저의 URL을 표시하도록 버튼 아래에 나타난다.
결과 브라우저가 일반 웹 브라우저를 사용하여 그 URL에 액세스 지금. 브라우저를 사용하는 방법에 대한 지침은이 설명서의 다음 섹션에 있습니다. 서버가 '서버를 중지'버튼으로 중지 될 때까지 브라우저를 사용할 수 있습니다.
tigreServer.py는 명령 줄 인터페이스와 함께 사용할 수 있습니다. 자세한 내용은 '--help'옵션을 사용하여 스크립트를 시작합니다.
브라우저를 사용하여
데이터 집합 선택
데이터 세트의 선택은 결과가 결과 목록과 어떤 순서에 표시됩니다 결정합니다. 실험 세트 선택은 실험 세트를 선택하는데 사용된다. 이러한 실험 결과 만이 목록에 표시됩니다.
다음 데이터 세트 선택에 전사 인자 (TF) 또는 타겟 세트의 선택은, 결과 브라우저의 설정 여부에 따라서 순위 랭킹 모드 또는 모드 조절기 (설치 참조) 타겟팅. 목표 순위 모드에서는 TF 선택이 가능하며, 결과 목록은 주어진 TF와 다른 표적에 대한 결과가 포함되어 있습니다. 레귤레이터 랭킹 모드에서 대상 세트가 선택되고, 목록은 다른 규제에 대한 결과를 표시합니다.
결과의 수가 높을 수있는 바와 같이, 결과는 여러 페이지로 분할 될 수있다. 선택 "페이지 당 유전자의 수는"보여 결과의 개수를 조정하기 위해 사용될 수있다. 이것은 페이지가로드되는 경우 천천히 의한 화상의 수가 대량 결과의 수를 감소하는 것이 유용 할 수있다.
마지막으로, 결과를 보였다되는 순서는 선택 "으로 정렬"로 변경 될 수있다. 결과는 주어진 기준으로 내림차순으로 정렬됩니다.
필터링
결과는 다른 기준으로 필터링 할 수 있습니다. 하나는, 예를 들어, 특정 임계치보다 더 높은 점수 Z가 유전자 결과만을 보여줄 수있다.
이는 필터링 할 때 여러 조건을 조합 할 수있다. "[+]"링크는 다른 기준을 추가하는데 사용될 수있다. 기준이 마찬가지로 사용하여 제거 할 수있다 "[-]"(단지 하나의 기준이있을 때 보여 생략) 링크. 다양한 기준이 사용되는 경우, 모든 기준을 만족해야 유전자 결과 목록에 나타났다한다.
필터링 "필터 적용"체크 박스를 사용하여 활성화됩니다.
강조
유전자 데이터베이스에 부가 데이터를 포함하는 경우, 그 결과 데이터를 이용하여 강조 할 수있다. 가능한 강조 옵션은 해당 옵션에 관련된 색상으로 보여 주었다된다.
선택 일치하는 보조 데이터가 유전자에 대한 결과 목록에서 프로브 이름 아래 색깔의 상자를 보여줌으로써 강조 작품.
수색
그것은 주어진 유전자에 대한 결과를 검색 할 수 있습니다. 쉼표를 입력하여 검색 작업은 검색 창에 유전자 또는 프로브 이름의 목록을 분리. 유전자 별칭도 됨 엔트리로서 사용될 수있다.
결과보기
버튼을 클릭하면 "보내기"데이터 세트, 필터, 하이라이트 및 검색 주어진 선택에 대한 결과를 보여 주었다됩니다. 데이터베이스는 다음 주어진 선택 일치하는 결과를 조회 할 수 있습니다. "초기화"버튼을 모두 선택하고 텍스트 필드를 취소 할 수 있습니다.
결과 목록은 여러 열이 포함되어 있습니다. 첫 번째 열에 프로브 이름 프로브와 연관된 GENENAME로 표시된다. 유전자 이름 옆에, 하나의 데이터베이스에 정의되는 경우 유전자 발현도이다. 다음 열은 유전자에 대한 실제 결과가 포함되어 있습니다. 모든 보조 데이터는 여기에 표시됩니다. 실험 수치는 결과 값과 함께 표시됩니다.
데이터베이스에 삽입하는 경우 마지막으로, 실험 매개 변수는 다음 도면을 테이블로 표시됩니다
요구 사항 : 있습니다.
파이썬
댓글을 찾을 수 없습니다