goby

흘러도 바이너리 데이터 파일을 읽기위한 파이썬 API가 망둥이 차세대 데이터 관리 프레임 워크를 사용하여 만든 것입니다.
일반적으로,이 디렉토리의 완전한 무지 패키지의 일부로 사용할 수 온다 :
& NBSP; HTTP : //goby.campagnelab.org/
전체 패키지는 Java 소스 코드가 포함되어 있습니다. 당신이 PyPI 또는 다른 파이썬 고유의 소스에서이 패키지를 다운로드 한 경우, 당신은 코드 만 파이썬 부분을 받았습니다 수 있습니다.
개발 경고
망둥이 파이썬 라이브러리는 Java 구현으로 성숙하지 않습니다. 그것은 더 버그가있을 수 있으며, Java 버전에서 발견되는 기능의 전체 세트를 제공하기위한 것이 아닙니다.
설치 :
& NBSP; 1. 당신은 파이썬 2.5 이상이 있는지가 확인합니다. 의심스러운 경우, 실행
파이썬 -V
& NBSP; 2. 다운로드 및 전제 조건 파이썬 패키지를 설치 :
& NBSP; 1. 프로토콜 버퍼
& NBSP; http://code.google.com/p/protobuf/ 또는 PyPI에서 사용 가능
& NBSP;
2. pyjavaproperties - java.util.Properties 파이썬 교체
& NBSP; http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties에서 사용 가능
& NBSP; 3. 망둥이 패키지를 설치합니다 :
파이썬 setup.py 설치
& NBSP;이 단계는 수퍼 유저 권한을 필요로 할 수있다.
사용법 :
예 스크립트는 파이썬에서 망둥이 파일의 내용에 액세스하는 방법을 보여주기 위해 제공됩니다.
& NBSP; * 다음은 무지 정렬 파일을 검색하는 방법은 다음과 같습니다
& NBSP; GobyAlignmentStats.py의 기본 이름
(파일 basename.entries과 basename.header 종료해야합니다.)
& NBSP * 다음 커맨드 텍스트로 정렬 파일의 내용을 출력한다 :
GobyAlignmentToText.py의 기본 이름
& NBSP; * 컴팩트 변환합니다 다음 명령은 FASTA 형식으로 파일을 읽습니다 :
GobyCompactToFasta.py의 file.compact 읽어 들여
& NBSP; * 컴팩트의 내용에 대한 통계를 인쇄합니다 다음 명령은 파일을 읽습니다 :
GobyReadsStats.py가

이 요구 사항을 file.compact 읽습니다 :

이 파이썬