snakemake

메이크업 등의 시스템을 구축 자주 예를 들어 복잡한 워크 플로우를 생성하는 데 사용됩니다 . 생물 정보학 & NBSP에, snakemake 함께 빠르고 편안하게 실행 환경, 파이썬 스타일의 깨끗하고 현대적인 도메인 특정 사양 언어 (DSL)를 제공하여 워크 플로를 만들 수의 복잡성을 감소시키기 위하여 제정되었습니다.
설치
- 우분투 12.04에, 당신은 우리의 런치 패드 저장소에 사용할 수있는 데비안 패키지 python3-snakemake를 설치할 수 있습니다.
- 다른 시스템, 파이썬> = 3.2의 작업 설치가 필요합니다. 시스템에 따라 다음 easy_install을 snakemake 또는 명령 줄에서 easy_install3 snakemake를 실행하여 snakemake를 설치할 수 있습니다. 당신이 관리자 priviledges이없는 경우, easy_install을의 인수 --user를 보라.
- 마지막으로, 수동 snakemake pypi로부터 소스 코드 아카이브를 다운로드하여 설치 될 수있다.
용법
Snakemake 여러 후속 단계에서 파일을 생성 워크 플로우를 설명하는 간단한 DSL을 제공합니다 :
샘플 = "01", "02"]
# 선택적으로 작업을 수행해야 할 디렉토리를 정의합니다.
WORKDIR "경로에 /은 / WORKDIR"
# 만들 빌드 대상으로 행동 더미 규칙을 정의와 유사.
모든 규칙 :
& NBSP; 입력 : "diffexpr.tsv", ...
을 요약 규칙 :
& NBSP; 입력 : 샘플들에 대한 "{샘플} .mapped.bam".format (샘플 = s의)
& NBSP; 출력 : "diffexpr.tsv"
& NBSP; 실행
& NBSP # ... 입력 파일로부터의 출력을 생성하기 위해 일부 파이썬 코드를 제공
& NBSP; # 예컨대. 인덱스로 액세스 입력 파일
& NBSP; 입력 [1]
& NBSP; # 액세스 와일드 카드 값
& NBSP; wildcards.sample
& NBSP; # 쉽게 직접 액세스를하면서 자동으로 기본 쉘을 사용 쉘 명령을 실행
& NBSP; 형식 minilanguage를 통해 모든 로컬 및 글로벌 변수 #
& NBSP; 스레드 = 6
& NBSP; 쉘 ( "somecommand의 --threads {스레드} {입력 [0]} {출력 [0]}")
map_reads 규칙 :
& NBSP; # 입력 및 출력 파일의 이름을 지정
& NBSP; 입력 : = "{샘플} .fastq", hg19 = "hg19.fasta"를 읽고
& NBSP; # 마크 출력 파일은 쓰기 방지 작성 이후 일
& NBSP; 출력 : 매핑 = 보호 ( "{샘플} .mapped.sai")
& NBSP는 # 선택적으로 대신 규칙의 실행에 대한 일반 규칙 설명이 표시되는 메시지를 정의
& NBSP; 메시지 : "매핑을 읽고 {input.hg19}"
& NBSP; 스레드 : 8
& NBSP; 쉘 :
& NBSP; 파이썬 구문이 필요하지 않은 경우 # 직접 (다중 또는 한 줄 문자열) 쉘 명령을 제공합니다.
& NBSP; # 다시, 글로벌과 로컬 변수의 형식은 minilanguage를 통해 액세스 할 수 있습니다.
& NBSP # 또한, 규정에 의해 사용되는 스레드의 수를 지정할 수있다. snakemake 스케줄러는 충분히 코어 -j 명령 행 옵션을 통해 제공하는 경우 규칙이 스레드의 지정된 번호로 실행되도록합니다.
& NBSP; "" "
& NBSP; 광대역 무선 AlN을 -t {스레드} {input.hg19} {input.reads}> {output.mapped}
& NBSP 일부 --other --command
& NBSP; "" "
이러한 구문 "Snakefile"을 감안할 때, 워크 플로 issueing에 의해 (예를 들어 6 병렬 프로세스까지 사용) 실행할 수 있습니다 :
& NBSP; snakemake -j6 -s Snakefile
자세한 내용은 자습서를 참조하십시오

이 특징 :.

이 방법을 간단한 파이썬 기반의 구문으로 입력 파일에서 출력 파일을 생성하는 규칙을 작성하여 텍스트 방식으로 워크 플로우를 정의합니다. GNU 메이크업과 달리 (빌드 시스템은 주로 인)에서 snakemake는 다중 출력 파일을 생성하는 규칙을 할 수 있습니다.
Snakemake 자동 규칙 원하는 출력을 생성하기 위해 실행되어야하는 연산한다.
규칙 안에 모두 쉘 기반 규칙뿐만 아니라 전체 파이썬 구문이 지원됩니다. 쉘 명령은 모든 로컬 및 글로벌 파이썬 변수에 직접 액세스 할 수 있습니다.
GNU 만들처럼 가능한, snakemake 병렬 규칙 실행을 예약 할 수 있습니다. 또한, 인터 ​​룰 병렬화 인트라 룰 병렬화 (예 : 쓰레드)와 결합 snakemake 중고 코어 수가 소정 값을 초과하지 않도록 할 수있다.
파일 (즉, 그들이 생성 후 쓰기 보호됩니다) (즉, 그들은 더 이상 필요하지 않은 한 번 삭제 될 수 있습니다) 또는 보호 임시 표시 할 수 있습니다.
입력 및 출력 파일을 다수라는 이름의 와일드 카드를 포함 할 수 있습니다.
입력 및 출력 파일은 규칙 내에서이를 해결하기 편리하게 그래서 이름을 지정할 수 있습니다.
지도-감소 기능 등이 파이썬 지능형리스트 구문을 읽을 수있는 쉬운을 사용하여 수행됩니다.
실험적인 기능으로, snakemake (예를 들어 qsub를 Sun Grid Engine, Enterprise 버전의 경우) 제출 명령을 지정하여 클러스터에서 실행할 수 있습니다.

이 요구 사항 :

이 파이썬