Jmol은 원래 3D 화학 구조의 분자 뷰어로 작동하도록 설계된 오픈 소스, 크로스 플랫폼 및 무료 그래픽 소프트웨어입니다. HTML5 웹 응용 프로그램, Java 프로그램, Java 애플릿 및 "헤드리스"서버 측 구성 요소와 같은 네 가지 독립 실행 형 모드로 실행됩니다.
요약 한 눈에보기
주요 기능으로는 하이 엔드 하드웨어가 필요없는 고성능 3D 렌더링 지원, JPG, PNG, GIF, PDF, WRL, OBJ 및 POV-Ray 형식으로 파일 내보내기, 기본 단위 셀 지원, RasMol 및 Chime 지원 스크립팅 언어 및 자바 스크립트 라이브러리를 제공합니다.
또한이 소프트웨어는 애니메이션, 서페이스, 진동, 궤도, 측정, 대칭 및 단위 셀 작업 및 도형을 지원합니다.
지원되는 파일 형식
현재이 애플리케이션은 MOL MDL, V3000 MDL, SDF MDL, CTFile MDL, CIF, mmCIF, CML, PDB, XYZ, XYZ + vib, XYZ-FAH 등 다양한 파일 형식을 지원합니다. MOL2, CSF, GAMESS, 가우스, MM1GP, HIN HIN / HIV, MOLPRO 및 MOPAC.
또한 CASTEP, FHI, VASP, ADF, XSD, AGL, DFT, AMPAC, WebMO, PSI3, CRYSTAL, MGF, NWCHEM, odydata, xodydata, QOUT, SHELX, SMOL, GRO, PQR 및 JME도 지원됩니다. .
모든 주요 웹 브라우저를 지원합니다.
이 소프트웨어는 Mozilla Firefox, Google 크롬, Internet Explorer, Opera 및 Safari를 포함한 모든 주요 웹 브라우저에서 성공적으로 테스트되었습니다. 앞서 언급 한 브라우저 응용 프로그램은 모든 주류 운영 체제에서 테스트되었습니다 (지원 OS에 대한 다음 섹션 참조).
모든 주류 운영 체제 지원
Java 프로그래밍 언어로 작성된 Jmol은 모든 GNU / Linux 배포판, Microsoft Windows 및 Mac OS X 운영 체제 및 Java Runtime Environment가 설치된 다른 모든 OS를 지원하도록 설계된 플랫폼 독립적 인 응용 프로그램입니다.
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이 릴리스의 새로운 내용 :
버그 수정 : Jmol SMILES가 삽입 코드 검색을 허용하지 않음 - & quot; ^ & quot; 삽입 코드 : [G # 129 ^ A. *]
버그 수정 : Jmol SMILES는 삽입 코드 검색을 허용하지 않습니다. - & quot; ^ & quot; 삽입 코드 : [G # 129 ^ A. *]
14.20.3 버전의 새로운 기능 :
버그 수정 : Jmol SMILES가 삽입 코드 검색을 허용하지 않음 - & quot; ^ & quot; 삽입 코드 : [G # 129 ^ A. *]
버전 14.6.5의 새로운 기능 :
버그 수정 : Jmol SMILES가 삽입 코드 검색을 허용하지 않습니다. - & quot; ^ & quot; 삽입 코드 : [G # 129 ^ A. *]
버그 수정 : 삽입 코드 검색을 허용하지 않는 Jmol SMILES - & quot; ^ & quot; 삽입 코드 : [G # 129 ^ A. *]
버전 14.4.4 Build 2016.04.22의 새로운 내용 : 버그 수정 : 주석 원자 세트가 추가 된 수소에 맞게 조정되지 않았습니다.
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
버전 14.4.4 빌드 2016.04.14의 새로운 내용 : 버그 수정 : 주석 원자 세트가 추가 된 수소에 맞게 조정되지 않았습니다.
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
버전 14.4.4 빌드 2016.03.31의 새로운 내용 : 버그 수정 : 주석 원자 세트가 추가 된 수소에 맞게 조정되지 않았습니다.
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
버전 14.4.3 빌드 2016.03.02의 새로운 기능 :
버그 수정 : 주석 원자 세트가 추가 된 수소에 맞게 조정되지 않았습니다.
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
버전 14.4.3 빌드 2016.02.28의 새로운 내용 :
버그 수정 : 주석 원자 세트가 추가 된 수소에 맞게 조정되지 않았습니다.
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
14.4.2 빌드 2016.02.05의 새로운 기능 :
버그 수정 : 주석 원자 세트가 추가 된 수소에 맞게 조정되지 않았습니다.
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
버전 14.4.0 빌드 2015.12.02의 새로운 기능 :
버그 수정 : 주석 원자 세트가 추가 된 수소에 맞게 조정되지 않았습니다.
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
버전 14.2.15의 새로운 기능 :
버그 수정 : 추가 된 수소가 조정되지 않은 주석 아톰 세트
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
버전 14.2.13의 새로운 기능 :
버그 수정 : 주석 원자 세트가 추가 된 수소에 맞게 조정되지 않았습니다.
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
버전 14.2.12의 새로운 기능 :
버그 수정 : 주석 원자 세트가 추가 된 수소에 맞게 조정되지 않았습니다.
버그 수정 : 14.3.3_2014.08.02는 mmCIF 리더를 깨뜨 렸습니다.
버그 수정 : BinaryDocument (스파르탄 파일) 읽기가 14.1.12_2014.03.18에 깨졌습니다.
버전 14.1.8 베타 버전의 새로운 기능 :
새로운 기능 - cartoonRibose 설정 :
리보 오스 (ribose) 링을 끌어 들이고, 패싯 (puckering)을 보여주는 패싯
C4'-C5'-O5'-P를 통해 명시 적으로 연결됩니다.
참조로 C3'-O3 '을 보여줍니다.
cartoonBaseEdges를 비활성화합니다 (Leontis-Westhof Edges).
SET에 의해 사용 중지됨 cartoonBaseEdges ON
오하이오 주 릭 스피 니 (Rick Spinney)의 제안
새로운 기능 : anim frame [a, b, c, d]는 범위를 나타 내기 위해 음수로 작동합니다.
애니 프레임 [1, -5, 10, -6] - & gt; [1,2,3,4,5,10,9,8,7,6]
"1 내지 5, 10 내지 6"으로 판독된다.
새로운 기능 : 팅커 파일 리더 (및 FoldingXYZ 리더 업그레이드) :
Tinker ::를 사용할 수 있지만 첫 번째 행이 단지 atomCount 인 경우에만 필요합니다.
atomCount에 대해 n-1 원자를 사용하는 오래된 Tinker 형식을 수용합니다.
궤도와 원하는 모델 번호를 허용
새로운 기능 : (사실은 13.1이지만 문서화되지 않은) 애니메이션 프레임 [51 50 49 48 47 46 45 (등) 27 1 2 3 4 5 6 7 (기타) ....]
새로운 특징 : x = 비교 ({원자 1}, {원자 2}, "지도")
새로운 특징 : x = 비교 ({원자 1}, {원자 2}, "지도", "모두")
새로운 기능 : x = 비교 ({원자 1}, {원자 2}, "지도", "최고")
새로운 기능 : x = 비교 ({원자 1}, {원자 2, "MAP", "allH"})
새로운 특징 - x = 비교 ({원자 1}, {원자 2}, "MAP", "bestH") :
비 방향성 SMILES를 기반으로 하나 이상의 상관 관계 목록을 생성합니다.
H 원자를 임의적으로 포함한다
선택적으로 가능한 모든 원자 매핑을 생성합니다.
int [] [] = [[a1 b1], [a2 b2], [a3 b3], ...]를 반환합니다.
여기서 an 및 bn은 정수 원자 인덱스이고, "all" 옵션이 선택됩니다.
다음은 수소 원자를 포함하는 두 개의 구조에 대한 하나의 원자 상관 맵을 생성 할 것이다 :로드 파일 "a.mol" "b.mol" x = 비교 ({1.1} {2.1} "MAP" "H")
다음은 NCI의 카페인 모델을 PubChem의 카페인 모델과 비교합니다.
load $ caffeine; append : 카페인; frame *
2.1을 선택하십시오; 레이블 % [atomIndex]
{1.1} {2.1} SMILES 회전 번역 비교
x = 비교 ({1.1}, {2.1}, "MAP" "bestH")
(a in x) {a1 = a [1]; a2 = a [2]; select atomindex = a1;
새로운 기능 : compare {model1} {model2} SMILES :
SMILES를 줄 필요가 없습니다. Jmol은 {model1}
새로운 특징 : x = {*}. find ( "SMILES", "H") :
명시 적 H 원자를 갖는 SMILES를 생성합니다.
버그 수정 : SMARTS 대신 SMILES를 사용하는 substructure () 함수로 전체 구조 만 지원합니다.
버그 수정 : SMILES 관련 메소드의 오류 트래핑 및 메시지 개선
버그 수정 : webexport가 Jmol.jar 및 jsmol.zip에 대한 경로를 더 강력하게 검색하도록합니다.
버그 수정 : getProperty extractModel이 부분 집합을 존중하지 않음
버그 수정 : pdbGetHeader를 설정하면 TRUE가 캡처되지 않음 REMARK3 REMARK290 REMARK350
버그 수정 : getProperty ( "JSON", ....)은 {value : ...}에 값을 래핑해야합니다.
버그 수정 : MO 영구 투명도가 11.x에서 깨졌습니다.
버그 수정 : show MENU 쓰기 MENU로드 메뉴가 모두 깨졌습니다. 12.2
버그 수정 : nAtoms 인 경우 {*} [n]은 비어 있어야합니다.
버전 14.0.7의 새로운 기능 :
버그 수정 : 14.0.6으로 치명적인 버그 발생 - unitcell 및 echo 렌더링, getProperty
버전 14.0.5의 새로운 기능 :
버그 수정 : LCAOCartoon 반투명이 깨졌습니다.
버그 수정 : 반투명 백본이 고장났습니다.
버그 수정 : pqr, P2N 판독기가 고장났습니다.
버그 수정 : 등고선지도 속성 xxx는 surface가 (어떤 식 으로든) 기본 원자와 관련되지 않은 점을 가지고있는 조각 인 경우 실패 할 수 있습니다.
버전 14.1.5 베타 버전의 새로운 기능 :
버그 수정 : LCAOCartoon 반투명이 깨졌습니다.
버그 수정 : 반투명 백본 깨짐
버그 수정 : pqr, P2N 리더가 손상됨
버그 수정 : 등고선지도 속성 xxx는 surface가 (어떤 식 으로든) 기본 원자와 관련되지 않은 점을 가지는 조각 인 경우 실패 할 수 있습니다.
버전 14.0.4의 새로운 기능 :
버그 수정 : 로켓 고장
버그 수정 : PDB byChain, bySymop은 지원되지 않습니다.
버전 14.0.2의 새로운 기능 :
버그 수정 : q와 t를 구별하지 못하는 변조;
버그 수정 : 변조 된 측정이 작동하지 않음
버그 수정 : 건너 뛰지 않음 defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
버그 수정 : 등 궤도지도 원자 궤도 실패
버그 수정 : 거리가있는 변조의 진동 표시가 업데이트되지 않습니다.
버그 수정 : 진동으로 인해 콘솔에서 불필요한 경고가 발생합니다.
버그 수정 : symop 깨짐 그리기
버그 수정 : array.mul (matrix3f)가 Jmol을 충돌시킵니다.
버그 수정 : select symop = 1555 broken
버그 수정 : picking dragSelected가 작동하지 않음을 설정합니다.
코드 : 리팩터링 된 CifReader, MMCifReader 및 MSCifReader 코드 분리 : SV에서 메소드의 이름 바꾸기 / 리팩토링
코드 : javajs.api.JSONEncodable 인터페이스 추가
org.jmol.script.SV의 매우 간단한 구현
javajs 구현을 통해 사용자 정의 JSON 결과 제공
버전 14.1.2 베타 버전의 새로운 기능 :
새로운 기능 : JavaScript : JSmol API Jmol.evaluateVar (애플릿, 표현식) :
결과는 JavaScript 변수가 아니고 문자열이기 때문에 Jmol.evaluate보다 좋습니다.
JSmol API 사용 Jmol.evaluate (애플릿, 표현식)
새로운 기능 : getProperty ( "JSON", ....) :
속성에 대한 JSON 코드를 반환합니다.
자바 스크립트 허용 : x = Jmol.getPropertyAsArray ( "variableInfo", "some expression")
새로운 기능 : getProperty variableInfo :
Java 또는 JSON 형식으로 변수 검색 가능
표현을 평가하다
기본값은 & quot; 모두 & quot;입니다.
새로운 특징 : q와 t에 의해 조정 가능한 변조, 최대 d = 3 :
변조 온 / 오프 (모든 원자)
수정 {원자 세트} on / off
모듈레이션 int q-offset
변조 x.x t- 오프셋
변조 {t1 t2 t3}
변조 {q1 q2 q3} TRUE
새로운 기능 : pickedList :
최근 선택된 원자 배열
PICKED 변수와 동일하게 사용할 수 있지만 시간순으로 정렬되지 않고 순차적으로 정렬됩니다.
구조체를 두 번 클릭하면 목록이 지워집니다.
@ {pickedList} [0] 마지막으로 선택한 원자
@ {pickedList} [- 1] 마지막으로 선택 된 원자 옆에
새로운 기능 : array.pop (), array.push () - JavaScript와 유사합니다.
새로운 기능 : 변조 스케일 x.x
새로운 기능 : 캡션 & quot; xxxxx & quot; x.x - 실행할 초 수
새로운 기능 : 변조 0.2 // t- 값 설정
새로운 기능 : array.pop (), array.push (x)
a.push ( "testing") a.push ()
새로운 기능 : ON / OFF 원자 세트 선택 :
선택 후광을 켜거나 끕니다.
편의상
새로운 기능 : pt1.mul3 (pt2) :
{pt1.x * pt2.x, pt1.y * pt2.y, pt1.z * pt2.z}를 반환합니다.
둘 다 점이 아니면 단순한 곱셈으로 되돌아갑니다.
new reature : array.mul3 (pt2) - 배열의 모든 원소에 mul3을 적용합니다.
새로운 기능 : {atomset} .modulation (type, t) :
P3 (변위 변조)
타입 = "D"에 대해서만 구현된다. (선택 과목)
선택적 t는 기본적으로 0입니다.
버그 수정 : q와 t를 구별하지 못하는 변조;
버그 수정 : 변조 된 측정이 작동하지 않음
버그 수정 : 건너 뛰지 않음 defaultLattice "{NaN NaN NaN}"
버그 수정 : 등 궤적지도 원자 궤도 실패
버그 수정 : 거리가있는 변조의 진동 표시가 업데이트되지 않습니다.
버그 수정 : 진동으로 인해 콘솔에서 불필요한 경고가 발생합니다.
버그 수정 : symop 깨짐 그리기
버그 수정 : array.mul (matrix3f)가 Jmol을 충돌시킵니다.
버그 수정 : select symop = 1555 깨진 버그 수정 : picking dragSelected가 작동하지 않음
코드 : 리팩터링 된 CifReader, MMCifReader와 MSCifReader 분리
코드 : SV에서 메소드의 이름 바꾸기 / 리팩토링
코드 : javajs.api.JSONEncodable 인터페이스를 추가합니다.
org.jmol.script.SV의 매우 간단한 구현
javajs 구현을 통해 사용자 정의 JSON 결과 제공
버전 14.0.1의 새로운 기능 :
새로운 기능 : Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (기본값 55)
새로운 기능 : 인쇄로드 ( "xxx")와 같은 load () 함수, 애플릿의 제한된 로컬 파일 읽기 :
루트 디렉토리 파일 없음
확장자없는 파일 없음
& quot; & quot; 경로
새로운 기능 : JAR 파일에 안전하게 서명
새로운 기능 : 애플릿 JAR 파일에는 로컬 파일 로딩을위한 JNLP (Java Network Launch Protocols)가 포함되어 있습니다.
새로운 기능 : JSmol URL 옵션 _USE = _JAR = _J2S = 정보 데이터 오버라이드
새로운 특징 : (존재했지만, 문서화되지 않았 음) quaternion ([quaternions의 배열]) - 구형의 평균을 반환합니다 Buss and Fillmore
새로운 기능 : 인쇄 quaternion ([quaternions 배열], true) :
구형 평균 a la Buss 및 Fillmore에 대한 표준 편차를 반환합니다.
단위는 각도이다.
새로운 기능 - 명명 된 쿼터니온 계수 값 :
인쇄용 쿼터니언 (1,0,0,0) % "행렬"
옵션에는 w x y z가 포함됩니다. normal eulerzxz eulerzyz 벡터 theta 축 x 축 y 축 y 축 x 행렬
ew 기능 - set celShadingPower :
셀 쉐이딩 강도를 설정합니다.
정수 값
기본값 10은 두꺼운 선입니다.
5는 좋은 선이다.
0으로 설정하면 셀 음영이 꺼집니다.
(power> 0) 또는 사용자 (power & lt; 0)에 기초하여 픽셀상에서 동작하며,
normal_z & lt; 0 일 때 배경 콘트라스트 (흑색 또는 백색) 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
새로운 기능 : Jmol 스크립팅 콘솔에서 mmcIF가 _citation.title을 읽음
새로운 기능 : SELECT {원자 집합} ONLY 옵션을 최소화하여 다른 모든 원자를 제외합니다.
새로운 기능 : minimize {atomset} - 암시 적 SELECT 및 ONLY
새로운 기능 - & quot; 확장 & quot; 기여한 JS 및 SPT 스크립트 용 JSmol의 디렉토리 :
jsmol / js / ext
jsmol / spt / ext
새로운 기능 :로드 ... 필터 & quot; ADDHYDROGENS & quot; - 하나의 load 명령에 대해서만 국지적으로 pdbAddHydrogens 설정
새로운 기능 : {1.1} {2.1} BONDS SMILES 비교
새로운 특징 : 목록 = ({원자 1} {원자 2} "유조선" "유대"를 비교)
새로운 기능 : JSON xxx.json 작성
새로운 기능 : [# 210] JSON { "mol": ...} 리더
ew feature - set particleRadius :
최대 반경 값 (16.0)을 초과하는 원자의 전역 반경
기본값은 20.0입니다.새로운 기능 - CIF 및 PDB 필터 "BYCHAIN" 및 "BYSYMOP" 바이러스 미립자에 대한 :
체인당 또는 symop 당 하나의 원자 만 생성
크기는 예를 들어 다음을 사용하여 최대 16 Angstroms보다 크게 조정할 수 있습니다.
particleRadius 30을 설정하십시오.
스페이스 필 30; // 여기서 16 이상의 숫자는 대신 particleRadius를 사용합니다.
새로운 기능 : list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString "BONDS")
새로운 기능 : symop () 함수는 PDB 및 mmCIF 용 생체 분자 필터에서 대칭을 허용합니다.
새로운 기능 - 등각 향판 SYMMETRY :
isosurface에 대칭 연산자를 적용합니다.
보다 효율적인 렌더링 및 생성
기본 선택은 {symop = 1}뿐입니다
기본 색상 지정은 propertyColorScheme을 기반으로 symop로 색상을 지정하는 것입니다.
예:
로드 1 차 필터 "생체 분자 1"
색상 속성 symop
등각 투영 해상도 0.8 대칭 sasurface 0
새로운 기능 - 새로운 아톰 속성 : chainNo :
각 모델에 대해 1부터 순차적으로;
chainNo == 0은 "no chain"을 의미한다. 또는 chain = ''
새로운 기능 - 새로운 propertyColorScheme "친화적 인":
색맹 - 친화적 인 색 구성표
RCSD에서 사용새로운 기능 : JSpecView 완전히 Java 무료; 스펙트럼의 2D nmr 및 PDF 인쇄 포함
새로운 기능 - WRITE PDF & quot; xxx.pdf & quot; 품질 & gt; 1 가로 모드 요청 :
효율적인 사용자 정의 PDF 작성 클래스 사용
크기가 너무 큰 경우 맞는 이미지
새로운 기능 : JSpecView는 자바 스크립트 용 PDF 및 2D NMR을 추가합니다.
새로운 기능 :로드 "== xxx" 필터 "NOIDEAL" - "비 이상적 (nonideal)"화학 물질을 사용하는 PDB로부터의 화학적 성분 부하. 좌표 집합
버그 수정 : CD 쓰기가 제거되었습니다. ChemDoodle이 형식을 변경했습니다. 대신 JSON 사용
버그 수정 : PDB 및 CIF 파일은 PAU와 같은 어셈블리를 큰 음수로 나타냅니다.
버그 수정 : 회전이없는 COMPARE는 무한 루프를 시작합니다.
버그 수정 : 지연 문제 반복 (-1)
버그 수정 : JavaScript에서 Chrome 용 마우스 휠링
버그 수정 : 언어 변경을위한 JavaScript 팝업 메뉴 수정
버그 수정 : JavaScript 핵심 컴포넌트가 처리되지 않습니다. Jmol._debugCode가 인식되지 않습니다.
버그 수정 : biomolecules에 대해 단위 셀 오프셋이 잘못되었습니다. 원점이 잘못된 경우
버그 수정 : 등고선 / mo 전방 깨졌습니다.
버그 수정 : JavaScript에서 언어 현지화가 깨졌습니다.버그 수정 : DIRAC 빌드 201304052106에서 MO 출력을 읽지 않는 ADF 판독기
버그 수정 : Safari는 애플릿을 수락하지 않고 노란색 Jmol 정보를보고합니다.
- 태그가 필요했습니다.
버그 수정 : _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id를 제대로 처리하지 못하는 CIF 판독기
- 하중에 대해 잘못된 원자 세트 = 3fsx.cif 필터 "조립체 1"
버그 수정 : [ChemDoodle과의 # 558 호환성 문제] Number.toString ()의 정의에서 JSmol 오류가 발생했습니다.
버그 수정 : 마우스 휠이 제대로 작동하지 않습니다.
버그 수정 : JavaScript J2S 컴파일러 오류가 int + = float를 정수로 변환하지 않습니다.
버그 수정 : JavaScript WEBGL 옵션이 손상됨
버그 수정 : JavaScript NMRCalculation은 리소스에 액세스하지 않습니다.
버그 수정 : JavaScript 스테레오가 구현되지 않았습니다.
버그 수정 : 다중 모델 파일 용 MOL 판독기 수정 (13.3.9_dev)
버그 수정 :로드 APPEND와 MOL 리더 오류 - 원자 번호를 계속하지 않습니다
버그 수정 : 셀파 벡터의 선형 조합을 읽지 못하는 CIF 변조 리더
버그 수정 : 필터 "BIOMOLECULE 1"을 통한 CIF 판독 아이덴티티 조작 만이 실패하면
버그 수정 : mmCIF 판독기가 모든 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 옵션을 읽지 않습니다.버그 수정 : PDB CRYST entry 1.0 1.0 1.0 90 90 90은 "단위 셀 없음"을 의미해야한다. 생물 분자 필터에 상관없이
버그 수정 : HEM과 같은 평면 분자에 적합하지 않은 등면 슬래브
버그 수정 : print userfunc ()가 실패 할 수 있습니다 (userfunc () 자체는 괜찮습니다)
버그 수정 : C-alpha-only polymer에는 within (나선)이 구현되어 있지 않습니다.
버그 수정 : 새 파일이로드되거나 저장 될 때 _modelTitle이 업데이트되지 않습니다.
버그 수정 : {*}. symop.all 대칭 연산자가 적절하게 제공되지 않음
버그 수정 : URL의 SMILES에있는 트리플 본드 용
버그 수정 : build.xml에 PDF 생성 클래스가 없습니다.
버그 수정 : Java 업데이트 후 로컬 서명 된 애플릿에 대한 올바른 경로 확인 추가
버그 수정 : {xxx} .property_xx 상태로 저장되지 않았습니다 (깨진 2011 년 8 월 7 일 rev 18518).
버그 수정 : 서명 된 및 서명되지 않은 애플릿 JAR 파일에 대한 매니페스트가 업데이트되었습니다.
버그 수정 : 쓰기 실패
버그 수정 : 애플릿 scriptWait () 메소드가 깨졌습니다.
버그 수정 : 저장된 상태에서 읽은 후 PyMOL 세션에 유닛 셀이 표시 될 수 있음
버그 수정 : 여러 어셈블리 유형에 대해 MMCIF 판독기가 실패합니다.
버그 수정 : CIF 판독기 "생체 분자 1" "분자"로 번역된다. "조립체"보다는 "조립체"버그 수정 : 여러 파일이 작동하지 않는 궤도로드
버그 수정 : 언어 변경시 JS 애플릿 팝업 메뉴가 제대로 닫히지 않습니다.
버그 수정 : HTML 체크 박스 id 속성이 지정되지 않았습니다.
코드 : 애플릿 / 애플릿 코드의 리팩토링; org.jmol.util.GenericApplet
코드 : 리팩터링, 버퍼링 된 판독기 및 버퍼링 된 입력 스트림 단순화
코드 : 자바 스크립트 리팩토링, 더 나은 빌드 _... xml
코드 : JavaScript Integer, Long, Short, Byte, Float, Double 모두 reworked
코드 : GT.L의 모호성 제거
코드 : 모든 불필요한 내부 클래스를 최상위 레벨로 리팩토링
코드 : api / JmolModulationSet을 사용한 격리 util / ModulationSet
code - 일반 .po 파일에서 읽은 모든 애플릿 언어 현지화 :
이미 자바 스크립트는
애플릿 언어 용 클래스 파일을 컴파일 할 필요가 없음
언어 없음 .jar 파일
새로운 jsmol / idioma 디렉토리는 Java 및 HTML5 모두에 대해 .po 파일을 보유합니다.
코드 : 암시 적으로 "frontonly"를 추가하는 더 빠른 등면 렌더링. 선택 {xxx} 만 사용
코드 : 암시 적 "등각면 속성 스무딩 거짓"을 사용하여보다 빠른 등면 렌더링. 관련 (정수) 경우code : JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - URL.getContent () 및 Class.getResource ()에 대한 모든 참조를 통합합니다.
코드 : JavaScript가 변수 이름 재 지정으로 내부 클래스 문제를 해결합니다.
코드 : eval (functionName)이 JavaScript에서 작동하지 않는 문제 해결.
코드 : 주변 폐색 실험
코드 : Java Ju51 (2014 년 1 월)에 필요한 필수 목록이 추가되었습니다.
코드 : JmolOutputChannel이 javajs.util.OutputChannel으로 이동되었습니다.
코드 : jsmol.php가 고정되어 & quot; saveFile 메소드에서
코드 : 파서를 javajs.util로 리팩토링
코드 : DSSP가 org.jmol.dssx로 이동하여 JSmol의 바이오로드를 20K 줄였습니다.
코드 : 필자 자신의 PDF 작성자가 작성한 iText 패키지 삭제됨, 더 이상 필요 없음
요구 사항 :
Oracle Java Standard Edition 런타임 환경
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