MetagenomeDB

MetagenomeDB 0.2.2

. MongoDB를 데이터베이스 위에 추상화 계층으로 MetagenomeDB 행위 MetagenomeDB 쉽게를 & nbsp, 저장, 검색 및 metagenomic 시퀀스를 주석하기위한 파이썬 라이브러리입니다. 그것은 개체, 즉 시퀀스와 컬렉션의 두 가지 유형을 만들고 수정하고 연결하는 API를 제공합니다 :& NBSP; * 시퀀스 (순서 클래스)가 될 수 읽기, 콘티, PCR 클론 등& NBSP * (컬렉션 클래스) 시퀀스들의 세트를 나타내는 수집;...

SSuMMo

SSuMMo 0.3

. SSuMMo는 분류군에 시퀀스를 할당 할 HMMER를 사용하여 주위에 반복적으로 설계 기능 & NBSP의 라이브러리입니다, 결과는 그 지역 사회 내 종 / 속 분포를 보여주는 매우 주석 나무입니다.소스 코드에 포함 된 프로그램 도구를 포함한다 : -- 숨겨진 마르코프 모델의 계층 데이터베이스 구축 - dictify.py을;- 인식 분류 학적 이름 시퀀스를 할당 - SSUMMO.py을;- 심슨, 섀넌 및 다른 methods-...

tigreBrowser

tigreBrowser 1.0.2

tigreBrowser는 티 그레 R 패키지의 결과에 대한 유전자 발현 모델 브라우저입니다 (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).설치 :tigreBrowser 파이썬 버전> = 2.5가 필요합니다. tigreBrowser는 다음 명령으로 설치할 수 있습니다 :파이썬 설치 setup.py(예를 들어, 현재 사용자에 대한 루트 권한없이 설치) 파이썬 모듈을 설치하는 방법에...

MACS2

MACS2 2.0.10.20130731

MACS2 칩-SEQ 데이터에 대한 모델 기반 분석 도구입니다.시퀀싱 기술의 개선, 염색질 면역 높은 서열 분석 하였다 (서열 번호 칩)의 전체 게놈 DNA 단백질 상호 작용을 연구하기 위해 점점 인기가있다. 강력한 칩 서열 번호 분석 방법의 부족을 해결하기 위해, 우리는 결합 부위 전사 인자를 식별하기위한 서열 번호 칩 (MACS)의 모델 기반 분석라는 신규 한 알고리즘을 제시한다. MACS 칩은 농후 영역의 중요성을 평가하기 게놈 복잡성의 영향을...

edittag

edittag 1.1

edittag은 플랫폼 별 시퀀싱 어댑터와 PCR 프라이머로 서열 태그를 편집 메트릭 시퀀스 태그 세트를 디자인 편집 메트릭 형태에 대한 일련의 태그를 확인하고, 통합에 대한 응용 프로그램 모음입니다. edittag는 다른 접근 방식과 다릅니다& NBSP; * edittag 멀티 프로세싱을 사용하여 적절한 시간 프레임 편집 - 메트릭 시퀀스 태그의 임의의 길이를 생성& NBSP; * edittag 편집 메트릭 시퀀스 태그 세트를 선택한 편집 거리를 준수...

picme

picme 1.0

picme 프로그램이 추정하고 큰 데이터 세트에 대한 계통 정보 성 음모가 포함 된 파이썬 패키지입니다.설치순간, 프로그램을 설치하는 가장 쉬운 방법은 다음과 같습니다자식 복제 자식 : //github.com/faircloth-lab/picme.git / 경로 /에 / picme테스트를 실행하려면 :CD / 경로 /에 / picme /파이썬 테스트 / test_townsend_code.py용도estimate_p_i.py 코드 템플릿 /에의 HyPHY에...

SyntenyMiner

SyntenyMiner r.0001-11272006

SyntenyMiner 시각화하고 여러 전체 게놈 서열 간의 비교를 심문 할 수있는 응용 프로그램입니다. 인터페이스는 참조 게놈 시퀀스 일치 탐색보기를 제공합니다. 다른 게놈의 염색체가 추가로 반전, 삽입 / 삭제 및 전좌를 포함하여 크고 작은 규모의 두 게놈 rearragements를 공개, 도트 플롯의 맥락에서 검토 될 수 사이에 순서가...

ProteinShop 단백질 구조를 조작하기위한 대화 형 도구입니다. 그것은 신속 인간의 지식과 직관을 사용 단백질 구성의 세트를 생성하도록 설계되었다. 이러한 구성은 로컬 또는 글로벌 최적화를 실시 할 수있다. ProteinShop 비록글로벌 최적화 프로세스 자체를 실시하지 않고, 그것을 제공글로벌 최적화 프로세스와 상호 작용하는데 사용될 수있다 워크즉, 원격 컴퓨터에서 실행 할 수있다.ProteinShop는 기능의 세 가지 수준을 제시레벨 내가 :...

PySCeS

PySCeS 0.9.0

PySCeS는 분자 세포 생리학 & NBSP의 트리플 J 그룹에 의해 개발 된 프로젝트입니다 모델을 시도하고 살아있는 세포를 구성하는 복잡한 프로세스와 시스템을 이해하기 위해 이 특징 :. 텍스트 기반 모델 기술 언어.구조 해석 모듈.시간 시뮬레이션을위한 통합정상 상태 분석을위한 비선형 솔버신진 대사 작용 분석을 수행하는 모듈여러 정상 상태를 나타내는 시스템 분기 모듈매개 변수 검사, 데이터 출력 및 플로팅에 대한 추가 해주는 유틸리티의...