MetagenomeDB

. MongoDB를 데이터베이스 위에 추상화 계층으로 MetagenomeDB 행위

MetagenomeDB 쉽게를 & nbsp, 저장, 검색 및 metagenomic 시퀀스를 주석하기위한 파이썬 라이브러리입니다. 그것은 개체, 즉 시퀀스와 컬렉션의 두 가지 유형을 만들고 수정하고 연결하는 API를 제공합니다 :
& NBSP; * 시퀀스 (순서 클래스)가 될 수 읽기, 콘티, PCR 클론 등
& NBSP * (컬렉션 클래스) 시퀀스들의 세트를 나타내는 수집; 예를 들어, 샘플의 순서에 따른 읽기, 콘티는의 읽기 세트, PCR 라이브러리에서 조립
모든 개체는 사전과 같은 구문을 사용하여 주석이 될 수있다 :
# 첫째, 우리는 라이브러리를 가져
MDB으로 수입 MetagenomeDB
# 우리는 두 가지로 새로운 시퀀스 객체를 생성
# (필수) 속성 '이름'과 '순서'
S = mdb.Sequence ({ "이름": "내 순서", "순서": "atgc"})
# 객체는 현재 주석이 될 수있다
인쇄의 [ "길이"]
S는 [ "형"] = "읽기"
# 한번 수정 대상이 커밋 될 필요
수정 유지하기위한 데이터베이스에 #
s.commit ()
입력 시퀀스 또는 컬렉션의 목적은 다양한 metagenomic 데이터 집합을 표현하기 위해 서로 접속 될 수있다. 예로는, 이에 제한되지는 않는다 :
& NBSP; * 시퀀싱 실행의 결과 판독의 컬렉션 (여러 시퀀스 사이의 관계는 개체를 하나의 컬렉션)
& NBSP; * 세트의 조립으로 인한 콘티 세트 읽기 (이 컬렉션 개체 사이의 관계)
& NBSP; * 인접의 일부가 읽기 (여러 개의 시퀀스 사이의 관계는 개체를 하나의 시퀀스)
& NBSP; * 다른 순서와 유사합니다 순서는 (두 시퀀스 사이의 관계는 개체)
& NBSP; (이 컬렉션 개체 사이의 관계가) 더 큰 컬렉션의 일부입니다 * 수집
결과는 전용 방법을 사용하여 탐색 될 수 서열 수집 및 네트워크이고; 있고 다리, Collection.list_sequences () Sequence.list_collections () Sequence.list_related_sequences (). 그 방법의 하나 하나는 MongoDB의 쿼리 구문을 사용하여 정교한 필터를 허용 :
# 목록 유형 'collection_of_reads'의 모든 컬렉션
# 순서 's'이 (가)에 속하는
컬렉션 = s.list_collections ({ "유형": "collection_of_reads"})
# 목록 이러한 컬렉션에 속한 모든 시퀀스
적어도 50 염기쌍의 길이 #
컬렉션 C에 대한 :
& NBSP; 인쇄 c.list_sequences ({ "길이": { "$에있다": 50}})
MetagenomeDB 또한 염기 서열을 가져올 수있는 명령 줄 도구, 단백질 서열, BLAST와 FASTA 정렬 알고리즘 출력, 에이스 어셈블리 파일의 집합을 제공합니다. 다른 도구를 추가하거나 제거 할 여러 개체를하거나 주석을 제공됩니다

요구 사항 : 있습니다.

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