이 있어야 함 생물 정보학 에 Linux

Staden 패키지는 DNA 서열 어셈블리 (Gap4), 편집 및 유닉스, 리눅스,에서라도 및 MS Windows 용 분석 도구 (스핀)의 완전히 개발 세트입니다.Gap4 측면에서 관련 합류 몇 가지 사소한가 있었다어떻게 점수의 개선은 내부 조인하고 찾기를 조인가입 편집기에서 정렬 버튼의 기능을 제공합니다.또한 gap4에 결과의은 (io_lib 할 수있는 다양한 변화입니다다양한 추적 파일 형식에 대한 모든 I / O를위한 라이브러리). 추가함으로써실험...

STEME 프로젝트는 MEME 등의 주제 측정기에 사용되는 모델의 유형에 대한 기대 - 극대화, 알고리즘에 근사치로 생활을 시작했다.STEME 및 다른 URL;의 EM 근사 배 정도 더 빨리보다 일반적인 매개 변수 설정에 대한 MEME 구현을 실행합니다. STEME는 이제 그 자체로 제몫을 모티브 찾기로 발전하고있다.왜 STEME를 사용합니까?검증 된 모티브 발견 기술STEME은 시험하려고 앤 MEME 알고리즘에 기초한다. MEME는 가장 성숙하고...

STEPS는 임의의 복잡한 3D 형상의 반응 - 확산 시스템의 정확한 확률 적 시뮬레이션을위한 패키지입니다. 우리의 핵심 시뮬레이션 알고리즘은 길레스피의 SSA의 구현, 3D 사면체 메쉬의 요소를 분자의 확산에 대처하기 위해 확장.그것은 주로 수상 돌기 및 시냅스 주변 신경 신호 전달 경로의 상세한 모델을 시뮬레이션하기 위해 개발되었지만, 그것은 일반적인 도구와 공간적 기울기 및 형태가 역할을하는 것으로 생각되는 임의의 생화학 적 경로를 연구에 사용될...

Syntainia 여러 게놈의 시각화를위한 혁신적인 응용 프로그램입니다합니다. & nbsp; 그것은 유전자의 그룹 사이의 관계를보고 조작 할 수있는 간단하고 직관적 인 사용자 인터페이스를 제공합니다. 명확한 유전자 시각화, 그것은 여러 게놈 사이 synteny의 보존을 식별 할 수있는 연구자를위한 쉽다.  Syntainia 훌륭한 외모와 윈도우, 리눅스 및 Mac OS X에서 원활하게 실행하고 또한 자바 6와 다른 운영 체제에서 작동하는 데스크톱 응용...

SyntenyMiner 시각화하고 여러 전체 게놈 서열 간의 비교를 심문 할 수있는 응용 프로그램입니다. 인터페이스는 참조 게놈 시퀀스 일치 탐색보기를 제공합니다. 다른 게놈의 염색체가 추가로 반전, 삽입 / 삭제 및 전좌를 포함하여 크고 작은 규모의 두 게놈 rearragements를 공개, 도트 플롯의 맥락에서 검토 될 수 사이에 순서가...

맥은 프로그램 평가 및 대형 데이터 세트에 대한 계통 정보 성 음모가 포함 된 파이썬 도구입니다.인용 맥맥을 사용하는 경우, 인용하십시오- Faircloth BC, 장 J, 알파 ME : 맥은 계통 발생 학적 정보 성 높은 처리량 분석을 할 수 있습니다.- 타운센드 JP : 계통 정보 성 프로파일 링. 체계적인 BIOL. 2007, 56 : 222-231.- 연못 SLK, 프로스트 SDW, 뮤즈 SV :의 HyPHY : 사용하여 계통을 테스트 가설....

tigreBrowser는 티 그레 R 패키지의 결과에 대한 유전자 발현 모델 브라우저입니다 (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).설치 :tigreBrowser 파이썬 버전> = 2.5가 필요합니다. tigreBrowser는 다음 명령으로 설치할 수 있습니다 :파이썬 설치 setup.py(예를 들어, 현재 사용자에 대한 루트 권한없이 설치) 파이썬 모듈을 설치하는 방법에...

. TRMiner 파이썬 과학적 데이터 큐레이터 목표로 유틸리티 & NBSP이다 그것은 급속하게 주어진 광산 목표에 대한 관련 문장에 과학 출판물의 큰 컬렉션을 치기 할 수 있습니다.이것은 두 단계로 이루어진다. 첫째, 텍스트 관련 단어 토큰의 시퀀스로 tranlated된다. 둘째, 정규 표현식 패턴은 토큰의 순서로 검색됩니다. 일치는 자연 언어 문장으로 다시 번역 및 수동 큐레이터가 정렬하고 그 외의 읽을 거리 및 정보 추출을위한 속도 일치 할 수...

VULCAN 프로젝트는 전산 유체 역학 분석을 제공합니다.VULCAN (복잡한 흐름 분석을위한 점성 맞바람 알고리즘은) 극 초음속 난류 반응과 직렬 및 병렬 컴퓨팅 플랫폼의 다양한 흐름을 비 반응을 통해 아음속 속도에 대한 전산 유체 역학을 제공합니다.추진 유동 해석의 계산량은 타원과 공간 마칭 스킴 특수 난류 벽먼트, 멀티 그리드 방법의 사용을 통해 감소되고, 조절의 지배 방정식은 수치 강성을 감소.물리적 모델링 기능은 압축성, 레이놀즈 응력 이방성,...