이 있어야 함 생물 정보학 에 Linux

ProteinShop 단백질 구조를 조작하기위한 대화 형 도구입니다. 그것은 신속 인간의 지식과 직관을 사용 단백질 구성의 세트를 생성하도록 설계되었다. 이러한 구성은 로컬 또는 글로벌 최적화를 실시 할 수있다. ProteinShop 비록글로벌 최적화 프로세스 자체를 실시하지 않고, 그것을 제공글로벌 최적화 프로세스와 상호 작용하는데 사용될 수있다 워크즉, 원격 컴퓨터에서 실행 할 수있다.ProteinShop는 기능의 세 가지 수준을 제시레벨 내가 :...

pyNetConv 일부 네트워크 파일 형식의 변환을 돕기 위해 만든 파이썬 라이브러리입니다.버전 0.6 이후, pyNetConv는 다음과 같은 파일 형식을 읽기 / 쓰기 (과에서 /로 변환) 할 수있다...

. Pysam 읽기와 Samfiles를 조작 & NBSP위한 파이썬 모듈이다 그것은 samtools의 C-API의 경량 래퍼.빠른 시작 가이드는 여기에있다. 더 자세한 설명서는 여기에서 확인하실 수 있습니다.질문과 의견은 매우 환영이 릴리스의 새로운 기능입니다 http://groups.google.com/group/pysam-user-groupWhat에서 pysam 사용자 그룹에 전송해야합니다 samtools 0.1.8 및 tabix 지원 이 요구...

PySCeS는 분자 세포 생리학 & NBSP의 트리플 J 그룹에 의해 개발 된 프로젝트입니다 모델을 시도하고 살아있는 세포를 구성하는 복잡한 프로세스와 시스템을 이해하기 위해 이 특징 :. 텍스트 기반 모델 기술 언어.구조 해석 모듈.시간 시뮬레이션을위한 통합정상 상태 분석을위한 비선형 솔버신진 대사 작용 분석을 수행하는 모듈여러 정상 상태를 나타내는 시스템 분기 모듈매개 변수 검사, 데이터 출력 및 플로팅에 대한 추가 해주는 유틸리티의...

reciprocal_smallest_distance 글로벌 서열 정렬과 시퀀스 사이의 최대 우도 진화 거리를 정확하게 게놈 사이의 orthologs를 감지 할 수를 사용하는 페어 orthology 알고리즘입니다.타르볼에서 설치다운로드 GitHub의에서 최신 버전의 압축을 풉니 다CD ~컬 -L...

RFLP 플래너 RFLP 실험을 계획하는 데 도움이 도구입니다 : 그것은 다른 방법으로 동종 DNA 서열의 세트를 절단하고, 생성 된 겔 전기 영동 이미지를 시뮬레이션 제한 효소를 찾습니다. 프로그램은 인구의 특성을 중요한 제한 효소를 찾는 데 도움이됩니다. 전기 시뮬레이션 또한 겔에서 최고 다형 표시 제한 효소를 선택하기 쉽다.중요한 키워드는 생물 다양성이다.여기에 "RFLP 플래너"의 일부 주요 기능은 다음과...

인감 하둡에 서열 정렬을 제공하는 파이썬 모듈이다.인감 생물학적 서열 정렬을위한 맵리 듀스의 응용 프로그램입니다. 그것은 Pydoop을 통해 하둡 (http://hadoop.apache.org) (http://pydoop.sourceforge.net), 하둡을위한 파이썬 맵리 듀스와 HDFS API에서 실행 이 요구 사항 :. ...

seriesoftubes는 Solexa 칩 서열 데이터에 대한 확장 파이프 라인이다.패키지 문서 요구 사항 :...

메이크업 등의 시스템을 구축 자주 예를 들어 복잡한 워크 플로우를 생성하는 데 사용됩니다 . 생물 정보학 & NBSP에, snakemake 함께 빠르고 편안하게 실행 환경, 파이썬 스타일의 깨끗하고 현대적인 도메인 특정 사양 언어 (DSL)를 제공하여 워크 플로를 만들 수의 복잡성을 감소시키기 위하여 제정되었습니다.설치- 우분투 12.04에, 당신은 우리의 런치 패드 저장소에 사용할 수있는 데비안 패키지 python3-snakemake를 설치할 수...

. SSuMMo는 분류군에 시퀀스를 할당 할 HMMER를 사용하여 주위에 반복적으로 설계 기능 & NBSP의 라이브러리입니다, 결과는 그 지역 사회 내 종 / 속 분포를 보여주는 매우 주석 나무입니다.소스 코드에 포함 된 프로그램 도구를 포함한다 : -- 숨겨진 마르코프 모델의 계층 데이터베이스 구축 - dictify.py을;- 인식 분류 학적 이름 시퀀스를 할당 - SSUMMO.py을;- 심슨, 섀넌 및 다른 methods-...