GAMGI는 원자 구조를 만들고 분석하는 데 사용하도록 처음부터 완전히 설계된 오픈 소스 및 완전 무료 소프트웨어 프로젝트입니다. 간단하고 깨끗하며 사용하기 쉽고 강력한 그래픽 사용자 인터페이스가 있습니다.
광범위한 원자 구조 지원
응용 프로그램은 결정, 분자, 액체 및 유리와 같은 광범위한 원자 구조를 지원합니다. 또한 230 개의 결정 학적 공간 그룹을 지원하며 3D 보로 노이 분석 및 포인트 대칭을 수행하는 데 사용할 수 있습니다.
많은 객체 유형 지원
GAMGI는 텍스트, 궤도, 본드, 원자, 방향, 평면, 그룹, 분자, 클러스터, 셀, 화살표, 모양, 그래프, 어셈블리, 라이트, 레이어 및 창을 포함한 많은 객체 유형을 지원합니다. 또한이 프로그램은 원자 수준의 낮은 수준의 개체를 최대한 제어합니다.
무작위로 포장 구조 포장하기
다른 기능 중에서도 RCP (Random Close Packing) 구조, 임의의 공간 그룹 대칭에 대한 결정, 무작위 구조에 대한 조정 다면체 및 보로 노이를 작성할 수있는 기능을 언급 할 수 있습니다. 또한 대칭의 모든 점 그룹을 결정할 수 있습니다.
포괄적 인 문서 제공
흥미로운 또 다른 기능은 객체 목록 또는 이전에 강조 표시된 단일 객체에서 작업을 수행하는 기능입니다. 동위 원소 데이터 및 이온 반경을 포함한 포괄적 인 문서 및 원자 데이터가 제공됩니다. 또한이 소프트웨어는 다양한 가시성, 참조 점, 뷰포트 또는 투영법이 적용된 스폿, 방향 및 위치, 일련의 텍스트, 돌출부 또는 돌출부가있는 3D 텍스트 글꼴 등 방대한 양의 독립 창, 조명을 조작 할 수 있습니다.
>학교와 대학에서 사용할 수 있습니다.
GAMGI 애플리케이션은 문제의 원자 구조를 가르치기 위해 학교와 대학에서도 사용할 수 있습니다. 원자 구조를 연구하고 프레젠테이션을위한 이미지를 준비하기 위해 오픈 소스 응용 프로그램이 필요한 사람들은 물론 원자 모델링에서 작업하는 과학자들에게 완벽한 도구입니다.
이 릴리스의 새로운 내용 :
Light 및 Atom 객체에 대한 설정 파일을 업데이트했습니다.
gamgi-g 및 gamgi-x 나무가 동기화되었습니다.
updated gamgi_expat_import_object : 새 구성 규칙을 사용하여 Cell 객체 데이터를 XML 파일로 가져 오는 것이 좋습니다.
업데이트 된 gamgi_expat_export_object : 새 구성 규칙을 사용하여 셀 개체 데이터를 XML 파일로 내보내는 작업이 정상적으로 작동합니다.
셀 -> 생성 및 셀 -> 수정에서 모델 변경시 기본 벡터 (기본 또는 기본) 옵션에 대해 원점 벡터 및 축 벡터가 자동으로 업데이트됩니다.
엔진, gtk, expat 및 메사 코드에서 cell- & gt; border = FALSE를 cell-> border = GAMGI_PHYS_NONE으로 대체했습니다.
업데이트 된 gamgi_expat_export_config : Cell 설정 데이터를 XML 파일로 내보내기가 이제 잘 작동합니다.
업데이트 된 gamgi_expat_import_config : XML 파일에서 셀 구성 데이터를 가져 오는 작업이 이제 정상적으로 작동합니다.
모델, 테두리, 얼굴 및 노드의 기본값도 처리하기 위해 Cell-> Config 대화 상자가 개선되었습니다.
재 설계된 개체 -> 구성 대화 상자 : 이제 구성 데이터가 기본 데이터 (개체 -> 만들기 대화 상자와 같은 이름의 페이지)와 전역 데이터 (이전 개체와 새 개체 모두에 적용)로 분리됩니다. 전체 (마지막) 노트 페이지에서. 영향을받는 대화 상자 : Atom-> Config, Cell-> Config, Light-> Config.
구현 된 Cell- & gt; Config 대화 상자 및 인프라 구조. 셀 테두리 선, 노드 점 및 벡터 축의 크기는 이제 GAMGI의 모든 셀에 대해 전역으로 설정할 수 있습니다.이 기능은 나쁘게 필요한 기능입니다. 셀 색상 및 축 사용에 대한 기본값도 설정되었습니다.
gamgi_gtk_bond_create의 문제 수정 : static_init의 색상 세트가 이전 설정 데이터를 무시했습니다.
gamgi_mesa_draw_pick 및 gamgi_mesa_draw_grab의 문제 해결 : 셀 렌더링 포인트 너비가 포인트 너비 대신 선 너비로 설정되었습니다.
버전의 새로운 기능 :
방금 소개 된 버그가 수정되었습니다. GL 컨텍스트를 제거한 후에 GDK 비주얼을 언 클럭 할 수 없습니다. 이 코드를 삭제했습니다. 분명히 GTK는 위젯이 파괴되었을 때이를 수행합니다.
개선 된 gamgi_gtk_area.c, GAMGI의 X 버전에서 사용되며, GTKGLExt 라이브러리를 자체 GLX 기반 코드로 대체합니다. Javier Cabezas는 GTK 3에이 코드를 포팅하여 잘 작동합니다! GTK 2와 GTK 3에 대한 코드 간의 차이가 절대적으로 최소화되도록 변경 사항이 이식되었습니다.
a, b, c 셀 축 때문에 r, g, b 색을 사용할 수 없습니다.
궤도 - & gt; 작성 및 궤도 - & gt; 수정 대화 상자에서 향상된 축 배치.
Orbital에서 & gt; Create and Orbital- & gt; 수정 및 변경된 도움말 인터페이스에 따라 레이블 모델을 범위로 변경했습니다.
모든 도움말 형식 문서 페이지를 확인했습니다.
클러스터 형식에 대한 도움말 문서가 업데이트되었습니다.
cluster- & gt; 도료 배열은 더 이상 제로 - 종료되지 않습니다.
동기화 된 gamgi 및 gamgi_exp 브랜치.
XML 파일의 그룹 요소에서 참조로 특성 유형을 바꿉니다.
평면 및 방향 형식에 대한 도움말 문서가 업데이트되었습니다.
그룹 인터페이스 및 형식에 대한 도움말 문서가 업데이트되었습니다.
2024 년까지 EU 상표 GAMGI를 갱신했습니다.
소스 코드 및 문서 라이센스가 GPL v3으로 업데이트되었습니다.
sha256sum을 사용하여 모든 배포 파일의 체크섬을 시작했습니다.
2020 년까지 gamgi.org 도메인 이름 등록을 갱신했습니다.
버전 0.17의 새로운 기능 :
GtkGlExt 라이브러리가 필요없는 GAMGI 브랜치의 makefile 버그 (gamgi0.15.6에서 소개 됨)가 수정되었습니다. make_rules에 gtkglext 의존성이 포함되어 있으면 안됩니다.
비행기, 방향 지시등이 투영 망으로 선택 될 수 있습니다 : Wulff 또는 Schmidt.
gamgi와 gamgi_exp 배포 트리 사이에 코드, 문서 및 데이터 파일이 동기화되었습니다.
dat / orbital XML 파일을 검사하여 궤도 축 속성을 업데이트했습니다.
모든 dat / XML 파일을 검사하여 atom 유형 요소의 레이블 별 속성 유형을 바꿉니다.
모델, 평면, 방향, 셀 요소에서 속성 유형을 대체하기 위해 모든 dat / XML 파일을 검사했습니다.
일관성을 유지하기 위해 방향 및 평면 코드와 XML 요소에서 net이라는 이름의 투영법을 세계적으로 대체했습니다.
일관성을 위해 셀, 평면, 방향 코드 및 XML 요소에서 모델별로 이름 유형을 전역 대체했습니다.
셀에서 라벨 유형을 모델 -> 제작 및 셀 -> 수정으로 변경했습니다.
본드 -> 생성에서 라벨 방법을 입력으로 변경했습니다.
업데이트 된 도움말 - & gt; XML 평면 및 방향 객체에 대한 문서 형식 지정.
Debye-Waller 원자 온도는 이제이 분석에서 평소와 같이 0.0 (파란색) ~ 100.0 (빨간색) 사이의 값만 사용할 수 있습니다.
Bond 객체에 대한 업데이트 된 인터페이스 및 형식 설명서.
Debye-Waller의 기본 원자 온도를 고정 시켰습니다. 새 값은 0.0으로 잘 알려진 위치의 원자에 해당합니다.
Atom 및 Cell 객체에 대한 형식이 업데이트되었습니다.
도움말 & gt; 현재 및 도움말 - & gt; 주제에서 궤도 수정 & gt; 수정에 대한 문서를 읽을 수 있습니다.
Orbital- & gt; 수정에 대한 문서를 작성했습니다.
Orbital- & gt; Create 문서를 업데이트했습니다.
궤도 축은 이제 Orbital- & gt; Create, Orbital-> Modify 및 XML 기본 파일에서 훨씬 더 간단한 방식으로 처리됩니다.
궤도 - & gt; 선택은 궤도를 선택하는 데 사용할 수있는 여러 가지 속성을 포함하여 모든 옵션에 대해 정상적으로 작동합니다.
약간 간소화 된 함수 gamgi_gtk_select _ * .c.
Gamgi 0.16.6에서 소개 된 H orbitals 코드의 두 가지 버그가 수정되었습니다. 1) rho ** L (Laguerre polynomials에서 나온 용어) 및 1 / r ** L (Legendre 함수에서 나온)이라는 용어는 서로 취소합니다. 누락 된 상수. 2) 기본 반경 계산에 ρ ** L 항이 누락되었습니다.
비행기 목록을 이제 모델별로 선택할 수 있습니다 : 다각형, 극, 자취, 벡터.
방향 목록을 이제 모델별로 선택할 수 있습니다 : 선, 극점, 자취.
버전 0.16.8의 새로운 기능 :
Stereographic Projections에서는 극 비트 맵의 z 높이 (GAMGI_MESA_OFFSET_BITMAP)가 약간 증가했기 때문에 항상 이러한 값이 트레이스 위에 나타납니다. 이렇게하면 시각적 결함을 해결할 수 있지만 색상이 명확하게 분리되어 있기 때문에 흔적이있는 막대를 선택하는 것이 훨씬 수월해집니다.
동기화 된 gamgi 및 gamgi_exp 코드 분기.
Plane-> Modify and Direcyion-> Modify에서 static_press가 업데이트되어 개체 이름이 자동 이름 설정으로 덮어 쓰이지 않습니다.
평면에서 & gt; 수정 및 방향 - & gt; 수정 이름은 결정 평면, 방향에 대해 현재 잘 작동합니다.
Plane-> Create and Direction-> Create :에서 버그를 발견하고 제거했습니다. 어떤 경우에는 사용자가 지정한 객체 이름이 무시되었습니다.
Plane-> Create and Direction-> Create에서 심각한 버그를 발견하고 제거했습니다. List second level 대화 상자를 사용하여 이전에 만든 목록을 사용하여 평면 / 방향을 생성 한 후 제대로 초기화되지 않았습니다. 일부 회합에서는 GAMGI가 충돌 할 수 있습니다.
Plane-> Create and Direction-> Create에서 버그를 발견하고 제거 : 필요한 경우 단 한번만 Pole과 Trace를 생성했습니다.
궤도 - & gt; 선택이 작동합니다. Orbitals의 목록은 다른 객체와 마찬가지로 복사, 링크, 선택, 수정, 제거 될 수 있습니다.
동기화 된 gamgi 및 gamgi_exp 코드 분기.
고정 셀 & gt; 링크 : 셀 목록, 개체 (위 / 아래), 수정 및 임의 모드에서 작동합니다 (다시).
간단하지만 심각한 버그를 찾아 제거했습니다. 여러 창이 열렸고 개체 목록이 활성화되어 현재 개체로 선택되었을 때 Reset (종료가 아닌)은 Gamgi를 충돌시킵니다.
셀 - & gt; 링크 임의 (RCP)가 작동하지 않았습니다. 이전 코드로 대체되었습니다. 셀 - & gt; 링크는 더 많은 작업이 필요합니다.
-O3 플래그로 다시 컴파일하십시오.
메소드 영역의 모든 객체 -> 선택 대화 상자에서 심각한 버그가 수정되었습니다. 샘플링 사각형이 그래픽 영역 내에 완전히 없을 때 샘플링 된 색상 중 일부가 정의되지 않고 Ok를 누르면 GAMGI가 충돌합니다. 오래전에 충돌이 감지되었지만 그 원인은 지금까지 분명하지 않았습니다.
버전 0.16.7의 새로운 기능 :
gamgi / dat 및 gamgi_exp / dat 데이터 트리가 동기화되었습니다.
gamgi / doc 및 gamgi_exp / doc 문서 트리를 동기화했습니다.
gamgi / src 및 gamgi_exp / src 코드 트리가 동기화되었습니다.
궤도 수정 & gt; 수정에서 더 많은 GUI 글리치 수정.
고정 궤도 - & gt; 크래시 수정 : 궤도 - & gt; 점을 0으로 재설정해야합니다.
현재 www.gamgi.org와 ftp.gamgi.org는 Lisboa University의 IT 센터에서 호스팅되는 VM에서 제공됩니다. 다행히도 이것은보다 안정적인 연결과 시간 단축을 의미합니다.
Orbital- & gt; 수정에서 자동 이름 변경이 올바르게 작동합니다.
Atom에서 자동 이름 변경 - & gt; 수정이 올바르게 작동합니다.
Atom- & gt; 수정에서 자동 이름 변경을 구현했습니다.
Orbital- & gt; Modify에서 자동 이름 변경을 구현했습니다.
Orbital- & gt; 수정은 이제 단일 궤도에서 작동합니다. 궤도의 목록은 다음 릴리스에서 작동해야합니다.
Orbital & gt; Modify에서 Translation, Rotation이 제대로 작동합니다.
Orbital- & gt; 수정에 대한 static_apply가 대부분 수행됩니다.
Orbital- & gt; 수정에 대한 static_grab를 완료했습니다.
Orbital- & gt; 수정에 static_ok_global 및 static_ok_local을 추가했습니다.
Orbital- & gt; 수정에 대한 static_press를 완료했습니다.
오르비스 & gt; 수정에 대한 GUI 동작이 거의 완료되었습니다.
Orbital-> Modify and Orbital-> Select에서 작업하기 시작했습니다.
orbitals의 확실한 표현을 고려하여 gamgi_mesa_pick.c 및 gamgi_mesa_grab.c가 업데이트되었습니다.
궤도 축 메사 도면 코드에 약간의 버그가 수정되었습니다.
Laguerre 다항식은 Legendre 함수의 1 / r ** L 요소와 정확하게 일치하는 r ** L (L = 각 양자 수) 요소를 가지므로 H 궤도 함수의 수학적 설명이 훨씬 간단 해집니다! Jose Luis Martins에게 감사의 말을 전합니다! 그러한 낮은 확률 밀도 (1E-6)의 경우, 수치 적 이슈는 매우 민감하여이 단순화 이후에 궤도 시각 표현이 L = 1 인 경우에도 조금씩 다르게 나타난다.
버전 0.16.6의 새로운 기능 :
gamgi / dat 및 gamgi_exp / dat 소스 코드 트리가 동기화되었습니다.
gamgi / src 및 gamgi_exp / src 소스 코드 트리가 동기화되었습니다.
궤도에 대한 새로운 표현을 보여주는 스크린 샷이 추가되었습니다.
궤도 기본 샘플링 반경을 결정할 때 Θ, 파이 정확도가 약간 증가했습니다. (6,5, -5) 궤도 (6hy5)에 대해 테스트했습니다.
솔리드 궤도에서 신호 보간을 수행하는 코드를 디버깅합니다. 지금 잘 작동하고 있습니다! 이것은 실제로 GAMGI에서 세계 수준의 궤도 표현을 갖는 마지막 장애물이었습니다! 스크린 샷 시간! 앞으로 우리는 정점, 법선 및 삼각형의 수를 줄이려고 노력할 것이며 고라 울드 쉐이딩을 구현할 것입니다. 그러나이 중 어느 것도 현재 모델의 과학적 및 시각적 기능을 변경하지 않을 것입니다. 축하하는 항구의 유리!
이전에 발견 된 신호의 부정확성 문제를 해결하기 위해 솔리드 궤도에서 신호 보간을 수행하는 방법을 구현했습니다.
gamgi_chem_orbital.c 및 gamgi_chem_orbital.h에서 코드를 정리했습니다.
버그 수정 : 궤도 확률 밀도가 XML 파일로 제대로 내보내지지 않았습니다.
궤도 축을 사용하는 것이 더 간단하고 더 많은 옵션이 있습니다.
신호 코드가 작동 중입니다. 3D 궤도는 정말 환상적으로 보이지만 신호가 바뀌면 너무 많은 시각적 노이즈가 발생하여 신호 코드가 미세 해져야합니다.
양수 및 음수 삼각형을 서로 바꿔 코드를 수정했습니다.
static_edge에서 신호 보간 코드를 수정했습니다.
궤도 등각면 양파 효과와 관련된 보간 문제를 해결합니다 : [0,1] 범위의 분수를 적용하십시오.
고정 궤도 솔리드 코드 모서리 방향 : 정확한 보간을 위해 필요합니다.
고정 된 수치 부정확성 : 큐브를 분할하는 버그 (3D 체스 보드 에서처럼). 지금 멋져 보이네!
단단한 궤도 3D 코드를 디버깅했습니다. 표면적으로 수치적인 부정확성이있는 것으로 보입니다.
버전 0.16.5의 새로운 기능 :
이제 궤도 객체를 내보내고 GAMGI 원시 XML 파일로 가져올 수 있습니다. 반복적 인 static_outside 루틴을 루프 및 스택 버전으로 대체하여 솔리드 궤도 코드에서 치명적인 병목 현상을 제거합니다. GTK 코드에서의 mem 누수, 색깔에 의한 객체 선택시 sintax 버그, 사용되지 않는 변수로 인한 경고 등을 수정했습니다.
버전 0.16.4의 새로운 기능 :
동기화 된 gamgi 및 gamgi_exp 소스 브랜치.
우분투에서 사용하는 -I / usr / lib / i386-linux-gnu / glib-2.0 / include, -I / usr / lib / i386-linux-gnu / gtk-2.0 / include 경로를 포함하도록 make_local을 업데이트했습니다.
새로운 솔리드 궤도 코드의 버그 수정 : r 길이 테스트는 유선 표현에서 의미가 있지만 단단한 것으로는 적합하지 않습니다!
새로운 재귀 코드는 최악의 경우 160x160x160 크기의 비트 배열에서 작동합니다.
외부 표면을 찾는 재귀 코드는 50x50x50보다 큰 비트 배열에 대해 충돌합니다. 루프 대안을 찾고 있습니다.
궤도 코드 : 삼각형 기반 표현을 생성하는 파동 함수 보간이 실제로 잘 작동합니다.
H 기반 오비탈에서 평면 표면의 삼각형 기반 2D 솔리드 렌더링이 이제는 잘 테스트되고 잘 작동합니다! 이것은 사용자가 볼 수있는 팔각형을 선택할 수있는 옥타 넌트 기반의 오비탈 표현을 만드는 데 중요합니다.
gamgi.org를 호스트하기 위해 http://atom.ist.utl.pt와 ftp://atom.ist.utl.pt라는 새 거울을 추가했습니다.
고온 베타 - 석영, 베타 - 크리스토발라이트 및 베타 - 트라이 디마이트에 대한 구조 및 정보 파일을 추가했습니다.
새 미러를 구현했습니다 : http://gamgi.ist.utl.pt/ 또는 http://www.gamgi.ist.utl.pt/.
유선 모드에서 H-Orbital octant가 선택되는 방식을 간소화했습니다.
각 H 궤도 octant에 대해 외부 2D 등각면 (tetra-cubes 알고리즘)과 내부 2D octant 경계를 설명하는 데 필요한 모든 삼각형을 작성하기 위해 위상 코드를 작성했습니다.
각 H 궤도의 8 진수에 대해 내부 등면을 제거하고 외부 면만 표시하는 데 필요한 비트 배열 코드를 작성하고 테스트했습니다.
gamgi_chem_orbital.c에서 8 진법 코드를 단순화했습니다.
버전 0.16.3의 새로운 기능 :
모든 개체 -> 복사 대화 상자의 가독성 향상.
궤도 - & gt; 작성, 궤도 - & gt; 복사, 궤도 - & gt; 링크 및 궤도 - & gt; 제거에 대한 문서가 추가되었습니다.
Orbital-> Create, Orbital-> Copy, Orbital-> Link, Orbital-> Remove를 선택하여 업그레이드 할 수 있습니다.
동기화 된 gamgi 및 gamgi_exp 트리.
Orbital- & gt; 링크가 제대로 작동하고 있습니다 (아직 구현되지 않은 궤도 목록).
모든 link_object.html 파일의 결함을 수정하여 도움말 하위 시스템에서 이러한 파일 중 하나를 열려고하면 GAMGI 오류 메시지가 표시됩니다.
궤도 - & gt; 복사가 제대로 작동합니다 (아직 구현되지 않은 궤도 목록).
궤도 - & gt; 제거가 올바르게 작동합니다 (아직 구현되지 않은 궤도 목록).
Orbital- & gt; Copy, Orbital- & gt; Link 및 Orbital- & gt; Remove를 생성하기 시작했습니다.
Orbital- & gt; Create 대화 상자의 Octants 레이아웃은 훨씬 더 직관적입니다.
버전 0.16.2의 새로운 기능 :
Goggi / (GtkGLExt 사용) 및 gamgi_exp / (GLX 사용) 버전 동기화.
H 법선 궤도에 대해 볼륨 양수가 필터링되고 있습니다.
H 기반 궤도에 대한 최상의 기본값을 찾았습니다. 기본 밀도는 1E-6이며, 이는 6s 오비탈의 모든 지역을 표시하는 데 필요합니다. 포인트는 50000 x n으로 합리적인 타협점입니다. 기본 반경은 최대 밀도 (theta, phi에서 검색)가 기본 밀도보다 낮아질 때까지 f2r2 반경 밀도의 마지막 최대 값과 2.0 최소 길이를 스캔하여 계산됩니다.
향상된 & 궤도 - & gt; 만들기 대화 상자를 다시 디자인했습니다.
H 궤도 함수는 현재 Gamgi에서 잘 작동합니다. 최상의 기본값을 찾고 있습니다.
H 오비탈을 만들고 렌더링하는 데 필요한 모든 코드를 추가했습니다.
속도에 최적화 된 H 궤도 코드.
n = 1에서 6까지의 모든 수소 기반 오비탈에 대해 방사형 폴리 노미 아 최대 값에 대한 거리를 계산했습니다.
n = 1에서 6까지의 모든 수소 기반 오비탈에 대해 방사형 폴리 노미 아 제로의 거리를 계산했습니다.
궤도 객체는 이제 다른 Gamgi 객체처럼 생성, 크기 조정 (현재 중심 주위), 이동, 회전이 가능합니다.
궤도 생성 & gt; 작성을 완료하여 수소 기반 궤도를 작성하십시오.
수소 기반 궤도를 도트 모드로 렌더링하는 그래픽 엔진 코드를 작성했습니다.
x, y, z 좌표에서의 n, 6에 대한 s, p, d, f, g, h 수소 기반 궤도를 추가하고 테스트 함.
요구 사항 :
GTK +
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