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악성 구현 다중 정렬 절차는 최소 길이의 분지도를 검색하는 데 사용 된 것과 근접 평행하다. 논리와 프로그램 명령은 Hennig86, NONA 및 PAUP 같은 프로그램에 익숙한 명확하게 알 수있을 것입니다. 정렬 토폴로지는 다른 시퀀스를 통해 구성 및 지점 교환을 통해 향상된다. 얼라인먼트 토폴로지는 다수의 정렬을 수득 분지도 및 그 배열로 구성된다. 가장 인색 분지도 (cladogram)의 비용은 다음 여러 정렬 비용으로 할당됩니다.
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