CLC Main Workbench

CLC Combined Workbench의 4 주간의 완벽한 데모는 CLC Gene Workbench의 모든 DNA 서열 분석과 CLC Protein Workbench의 모든 단백질 서열 분석을 집계합니다. 모든 분석은 하나의 사용자 친화적이고 직관적 인 소프트웨어 응용 프로그램에 완벽하게 통합되었습니다.

이 릴리스의 새로운 기능 :

개선 사항 REBASE의 제한 효소 목록을 업데이트했습니다. & nbsp; 버그 수정 Pfam 도메인 검색 도구에 의해보고 된 PFOS 링크 업데이트 .CG Main Workbench 7.7.2에서 도입 된 문제를 수정했습니다. RdeGBI 이후 알파벳순으로 나열된 효소가 메틸화 정보를 잃어 버렸습니다. 사소한 버그 수정.

버전 7.7.2의 새로운 기능 :

워크 플로

이제 워크 플로 출력을 구성하여 출력을 포함 할 하위 폴더가 만들어집니다.
워크 플로 출력의 이름을 {user}, {host}로 정의하고 출력 개체의 타임 스탬프 요소 {year}, {month}, {day}, {hour}, {minute}의 새 placeholder를 사용할 수 있습니다. , {둘째}.
{name}은 {1}의 동의어이고 {input}은 {2}의 동의어입니다. 이전에 숫자로만 사용할 수 있었던 작업 흐름 출력 이름의 자리 표시자는 이제 쓴 이름을 사용하여 지정할 수 있습니다.

워크 플로우 출력 요소에서 맞춤 이름 지정을 위해 {2} 자리 표시자를 사용하는 경우 잠금 해제 된 입력 만 생성 된 이름에 포함됩니다.

워크 플로의 모든 구성된 매개 변수를 보여주는 생성 된 pdf에서 도구 또는 입력 요소에 연결된 매개 변수에 대한 항목이 이제 정의 요소의 이름을 나열합니다. 이전에는 이러한 요소의 매개 변수 목록이 공백으로 남았습니다.

워크 플로에서 도구 이름이 변경된 경우 워크 플로 매개 변수를 내보낼 때 원래 이름이 변경된 이름과 함께 포함됩니다.

워크 플로우를 사용하여 작성된 데이터 요소의 히스토리보기에는 이제이를 작성한 워크 플로우에 대한 정보가 포함됩니다.

워크 플로우 "요소 추가"메뉴의 도구 순서는 이제 Workbench 도구 상자 메뉴의 순서와 일치합니다.
워크 플로 요소의 구성으로 인해 무시 될 입력을 식별하는 데 도움이되는 향상된 워크 플로 유효성 검사

& nbsp;

쏘다

& nbsp;

이제 빠른 실행 도구가보기 메뉴 대신 도구 상자 메뉴 아래에 있으며이 도구를 가져 오는 시작 단추가 도구 모음에 추가되었습니다.

해당 요소를 선택하고 마우스 오른쪽 버튼으로 클릭 한 다음 나타나는 상황에 맞는 메뉴를 탐색하여 로컬 검색 결과 테이블에 나열된 데이터 요소에 대한 분석을 시작할 수 있습니다.

& nbsp;

메타 데이터

& nbsp;

& nbsp; 선택한 데이터 요소에서 메타 데이터 연결을 제거하는 & nbsp; "연결 제거"옵션이 오른쪽 클릭 컨텍스트 메뉴의 메타 데이터 요소보기에 추가되었습니다.

Metadata Find Associated Data보기에서 여러 행을 선택했을 때 탐색 영역에서 찾기를 사용할 수 있습니다.

수식이 포함 된 스프레드 시트에서 메타 데이터를 가져 오는 경우 수식 자체가 아닌 Excel에서 표시되는 수식 평가 결과를 가져옵니다.

& nbsp;

일반

모든 NCBI 서버 통신이 이제 암호화됩니다. (NCBI는 2016 년 9 월 30 일에 모든 웹 서비스를 HTTPS 프로토콜로 전환 할 예정입니다.) & nbsp;

워크 벤치에 사전 설치된 효소 목록은 REBASE에서 업데이트되었습니다.

새로운 테이블 필터링 옵션으로 "목록에 없음"옵션이 추가되었습니다.

읽기 그룹 세부 정보가 순서 목록의 요소 정보보기에 표시됩니다.

GenBank 가져 오기는 이제 'GBFF'확장자를 가진 파일 이름을 허용합니다.

"폴더 정렬"도구는 숫자 앞에 접두사가 붙은 파일 이름에 숫자 정렬을 사용합니다.

내보내기 출력의 이름을 정의 할 때 새로운 자리 표시자를 사용할 수 있습니다. & nbsp; {user}, & nbsp; {host}, 출력 개체의 타임 스탬프 요소 {year}, & nbsp; {month}, & nbsp; {day}, & nbsp; {hour, & nbsp; {minute} {초}. & nbsp;
{input}은 {1}의 동의어이고, {extension}은 {2}의 동의어이며 {counter}는 {2}의 동의어입니다. 이전에 숫자로만 사용할 수 있었던 내보내기 출력 이름의 자리 표시자는 이제 { 삼}.

버전 7.7.1의 새로운 기능 :

시작 프로세스 중에 지정된 사전 정의 된 고정 입력에 대한 변경 사항이 적용되지 않은 배치에서 여러 입력을 사용하여 워크 플로를 실행할 때 발생하는 문제가 해결되었습니다.
Motif Search 도구가 모든 일치 정확도를 0 % 또는 100 %로 잘못보고 한 문제가 해결되었습니다.
폴더에 저장하는 동안 폴더를 정렬하면 오류가 발생할 수있는 문제가 해결되었습니다.
기본 파일 또는 데이터 위치와 관련된 문제가 발생했을 때 오류가 발생할 수있는 배치 모드 대화 상자의 버그가 수정되었습니다.

버전 7.7의 새로운 기능 :

메타 데이터 가져 오기 - 기본적이고 쉬운 메타 데이터 가져 오기. 이 도구는 메타 데이터 테이블 편집기에서 사용할 수있는 도구를 보완합니다.

버전 7.6.4의 새로운 기능 :

버그 수정

NCB에서 시퀀스 검색 도구가 "다음 시퀀스가 ​​제대로 다운로드되지 않았습니다."라는 오류 메시지와 함께 염기 서열을 다운로드하지 못하는 버그가 수정되었습니다.
Create Protein Report 도구의 NCBI 단계에서 BLAST 문제 해결.
관련된 데이터가 원래 VCF 파일에서 가져온 VCF 내보내기 중에 오류로 이어지는 문제를 수정했으며 QUAL 필드의 값은 정수입니다. & nbsp;
VCF & nbsp; 형식으로의 부동 소수점 (십진수) 숫자 내보내기는 이전에 지정된 로케일에 종속되어있었습니다. & nbsp; 소수점 구분 기호가 & nbsp; 항상 항상 포인트가되도록 수정되었습니다.
메타 데이터의 자동 연결을 수행 할 때 로그에 데이터와 연관되지 않은 메타 데이터 행이 표시됩니다.
워크 벤치에서 메타 데이터 수동 정보에 액세스하지 못하게하는 버그가 수정되었습니다.
CLC 서버에 저장된 메타 데이터 테이블을 사용하여 자동 연결을 수행하지 못하는 버그가 수정되었습니다.
메타 데이터의 자동 연관은 데이터 이름의 접두어 대신 전체 이름과 정확히 일치하는 연관성을 처리합니다.

메타 데이터 테이블에는 더 이상 행이 데이터 요소와 수동으로 연관 될 키 열이 필요하지 않습니다.
이전에 워크 플로우 출력 구성에서 볼 수 있었던 메타 데이터 역할을 대체하는 옵션이 제거되었습니다.
Workbench 데이터 위치가 폴더 대신 시스템의 파일을 가리키고있을 때 발생하는 오류를 수정했습니다. 이제는 Workbench Navigation 영역에서 사용할 수없는 것으로 표시됩니다.
워크 플로를 구성하고 실행할 때 모든 매개 변수에 대한 툴팁을 활성화했습니다.
clc url이 시작되기 전에 Workbench에서 CLC 서버로의 로그인 프로세스가 완료되어야합니다.
워크 벤치가 clc : // urls의 사용자 정의 프로토콜 핸들러로 인식되지 않는 Mac에서 문제점을 수정하십시오.
더블 클릭으로 편집기보기를 전환하여 발생할 수있는 드문 예외가 해결되었습니다.

버전 7.6.3의 새로운 기능 :

새로운 기능 및 개선 사항

선택한 요소를 일괄 처리 할 수있게되었습니다. 이전에는 선택한 폴더로만 제한되었습니다.
NCBI 도구에서 Sequence for Search를 사용할 때 데이터베이스로 "EST"를 선택할 수 있습니다.
이제 Hierarchical Clustering of Samples 도구를 워크 플로의 일부로 그리고 서버에서 실행할 수 있습니다.
큰 보고서 요소를 처리 할 때 향상된 메모리 관리.
계통 발생 나무의 나뭇잎에있는 툴팁에는 부착 된 순서에 대한 설명이 표시됩니다.
"워크 플로 열기"를 사용하여 워크 플로 복사본을 만들 때 Workflow 요소의 이름에 더 이상 숫자가 추가되지 않습니다.
메타 데이터 관리. 입력 파일을 추적하고 샘플에 대한 메타 정보를 가져옵니다.

버그 수정

타사 라이센스 플러그인을 설치할 때 Workbench가 오류 메시지를 표시하는 드문 문제를 수정했습니다.
Blast 결과 테이블에서 항목을 선택하면 표가 필터링되거나 정렬 된 경우 Blast 편집기에서 잘못된 정렬을 강조 표시하는 문제가 해결되었습니다.
디자인 입문서 편집기에서 주석을 클릭하면 오류 메시지가 표시 될 수있는 문제가 해결되었습니다.
순환 순서의 끝 부분에있는 주석이 순환 순서보기에 잘못 배치되는 문제가 해결되었습니다.
레이블의 방사형 렌더링을 사용하여 특정 시퀀스가 ​​원형보기로 표시되면 워크 벤치가 멈추는 버그가 수정되었습니다.
특정 상황에서 작성자가 잘못된 보고서를 수정했습니다.
불법 인수를 사용하여 Box Plot 및 Principal Component Analysis 작성을 실행하여 오류 메시지가 표시되는 문제를 수정했습니다.
역상 보완 순서 도구의 출력은 이제 -1 대신에 -RC 접미어를 입력 이름에 붙입니다.
파티션 기능을 계산하는 옵션이 긴 분자 (& gt; 1000 개 뉴클레오티드)에 대해 선택되었을 때 Predict Secondary Structure 도구의 버그가 수정되었습니다.

매우 큰 워크 플로에서 완전히 축소 한 후 확대 할 수없는 문제가 수정되었습니다.
Windows 드라이브의 루트 폴더가 파일 위치로 사용되지 못하게하는 문제가 수정되었습니다.
Windows에서 기존 설치를 갱신하면 .vmoptions 파일이 삭제되어 Workbench가 기본 Java 구성으로 실행되는 문제점을 수정했습니다.

버전 7.6.2의 새로운 기능 :

버그 수정

Workbench가 정보가없는 오류를 표시하고 작업을 계속하기 위해 다시 시작해야하는 Java 문제점에 대한 해결 방법을 추가했습니다.
NCBI에서 CPU 사용량 한도를 초과하는 NCBI 생성 오류가 투명하게보고되지 않고 "안타 없음"결과가보고되는 NCBI에서 BLAST를 실행하는 문제가 해결되었습니다.
BLAST에서 다운로드 한 파일 정리에 실패한 상황에서 예외가 발생하지 않도록 픽스가 적용되었습니다.
Reverse Transl 도구는 코돈 빈도 표에 지정된 유전 암호를 무시했습니다. 따라서 모든 역 번역은 표준 유전자 코드로 기본 설정됩니다.
데이터가 포함 된 워크 플로를 설치하는 경우 더 이상 데이터를 저장하기위한 읽기 전용 폴더를 선택할 수 없습니다.
폴더 편집기 또는 로컬 검색 편집기에서 요소를 내보낼 때 "지원되는 형식"의 잘못된 표시가 수정되었습니다.
로컬 검색 편집기를 통해 발견 된 파일을 편집 할 때 잠재적 인 잘못된 파일이 저장되는 문제를 수정했습니다.
이제 저장된 측면 패널 설정과 함께 보고서 내의 플롯이 표시됩니다.
측면 패널을 통한 플롯의 다양한 선 색상 저장을 수정했습니다.

10 개 이상의 샘플이있는 플롯의 범례를 표시하는 사이드 패널 옵션이 이제 사용 설정되었습니다.
빈 데이터 세트의 플롯을 렌더링 할 때 오류가 발생하는 문제가 해결되었습니다.
"휴지통 비우기"옵션이 때때로 잘못 사용되는 문제가 수정되었습니다.

버전 7.6.1의 새로운 기능 :

새로운 기능 및 개선 사항

GTF 익스포터는 메인 워크 벤치에서 사용할 수 있습니다.
Transcriptomics 실험 및 샘플 테이블은 많은 수의 행이있는 경우에도 정렬 될 수 있습니다.
향상된 Excel, HTML 및 탭으로 구분 된 변수 내보내기 (필요한 주석 / 열만 선택)

버그 수정

복제 편집기의 "이전 순서로 잘라 내기"도구에 영향을 미치는 오류가 수정되었습니다.
마우스 오른쪽 버튼을 빠르게 누른 다음 마우스 오른쪽 버튼을 누른 상태가 OS X에서 지속 검색 결과 목록, 도구 상자 트리 및 워크 플로 편집기에서 두 번 클릭으로 해석되는 버그가 수정되었습니다.

버전 7.6의 새로운 기능 :

새로운 기능 및 개선 사항

트랙 :

추가 표 열로 변형 트랙 및 주석 트랙을 풍부하게 할 때 일관된 출력. 이러한 도구의 출력 트랙은 이제 추가 된 테이블 열 수와 같으며 열의 순서는 항상 동일합니다. 이전에는 추가 된 열이 모든 변형 행에 대해 빈 값을 가지면 최종 표에서 제거되어 같은 도구 / 워크 플로로 여러 샘플을 처리 할 때 추가 열의 수와 상대 순서가 변경되었습니다. 모든 컬럼이 현재 보존되어 내 보낸 테이블의 다운 스트림 처리가 용이하며 특정 표본에 대해 결과를 산출하지 않더라도 어떤 농축 / 주석 도구가 적용되었는지 즉각적인 시각적 참조를 제공합니다.
변형 트랙 및 주석 트랙 테이블은 이제 여러 개의 숫자가 포함 된 셀이있는 열을 정렬하고 필터링 할 수 있습니다.
변형 된 트랙에 대한 트랙 뷰어를 개선하여 렌더링 된 변형에 시퀀스 변경을 표시합니다.
이제 그래프 트랙은 y = 0으로 위쪽으로 채워진 음수 값을 나타냅니다 (예상대로).

표를 CSV, 탭으로 구분 된 텍스트 및 Excel로 내보낼 때 숫자에 대한 소수 자릿수가 증가했습니다.
디스크 공간 부족과 관련된 오류보고 개선.

7.5.1 버전의 새로운 기능 :

이제 선택적 입력없이 워크 플로를 실행할 수 있습니다.
AAC 도구는 HGVS c.xxx 형식을 사용하여 DNA 수준의 변경으로 3'UTR의 변형을 주석 처리하지 않았습니다. 이는 이전 버전의 ENSEMBL CDS 트랙을 기반으로 Gx 7.5 또는 이전 버전에서 수행 된 모든 분석에 영향을 미칩니다. AAC 분석은 올바른 주석을 위해 Gx 7.5.1을 사용하여 재실행해야합니다.
Pfam 필터링 버그가 수정되었습니다. 이전에는 Pfam이 쿼리에서 각 유형의 첫 번째 도메인 만보고했기 때문에 많은 도메인이 누락되었습니다. 연구 결과가 Pfam 주석에 의존하는 사용자는 해당 도구에서 도구를 다시 실행하는 것이 좋습니다.
'최대 우도 계통 발생 (Maximum Likelihood Phylogeny)'도구의 버그가 수정되어 특정 입력 정렬에 대한 부트 스트랩 값을 생성 할 수 없습니다.
도구 마법사에서 매개 변수로 개체를 선택할 때 관련 파일로 스크롤하는 문제가 수정되었습니다.
Blast 텍스트 결과가 개선되어 문자열과 관계없이 올바른 쿼리 및 제목 위치를 표시합니다.
BLAST 작업을 CLC 서버에서 실행하도록 선택할 때 문제를 해결했습니다.
이제 선택적 입력없이 워크 플로를 실행할 수 있습니다.