DendroPy

이 같은 나무와 문자 매트릭스와 같은 계통 데이터 작업을위한 클래스 및 기능을 제공합니다.
그것은 또한 NEXUS, NeXML, PHYLIP, NEWICK, FASTA 등 계통 같은 표준 데이터 포맷의 범위에있는 판독 및 데이터의 기록을 지원한다 ..
또한, 유용한 계통 계산들을 수행하기위한 스크립트 계통수의 후방에 의해 주어진 샘플 또는 스플릿 clades 대한 지원 등을 요약 SumTrees 같은 라이브러리의 일부로서 분포된다.
다운로드 패키지의 문서와 튜토리얼 파일이 확장된다

이 릴리스의 새로운 기능입니다.

메타 데이터 주석을위한 새로운 인프라 : AnnotationSet 및 주석.
NeXML 0.9 메타 데이터 구문 분석 및 쓰기의 전체 지원.
get_from_url ()와 read_from_url () 메소드는 현재 URL의에서 계통 데이터의 열람 할 수 있습니다.
추가 GBIF 상호 운용성 모듈 (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;).

버전 3.12.2의 새로운 기능 : 메타 데이터 주석에 대한

새로운 인프라 : AnnotationSet 및 주석.
NeXML 0.9 메타 데이터 구문 분석 및 쓰기의 전체 지원.
get_from_url ()와 read_from_url () 메소드는 현재 URL의에서 계통 데이터의 열람 할 수 있습니다.
추가 GBIF 상호 운용성 모듈 (& quot; dendropy.interop.gbif & quot;).

버전 3.11.0의 새로운 기능 : 다중 입력 나무 전역에서 분기 라벨의 연결을위한

새 응용 프로그램 스크립트를 sumlabels.py.
새로운 상호 운용성 클래스 dendropy.interop.seqgen.SeqGen 서열-세대를위한 래퍼 라이브러리에 통합.
새로운 상호 운용성 기능 dendropy.interop.muscle.muscle_align () : 근육 정렬 래퍼.
새로운 상호 운용성 클래스 dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner : RAxML 래퍼.
prune_taxa () 메소드는 CharacterMatrix에 추가됩니다.
수학 모듈은 자신의 하위 패키지로 이동 : dendropy.mathlib을.
행렬과 벡터 연산을위한 새로운 모듈 : dendropy.mathlib.linearalg.
통계 거리 계산을위한 새로운 모듈 : dendropy.mathlib.distance.
squared_mahalanobis, squared_mahalanobis_1d, 마할 라 노비스, mahalanobis_1d : 마할 라 노비스 거리 계산 dendropy.mathlib.distance 함수의 가족입니다.

새로운 기능 :

버전 3.9.0의 새로운 기능 :
계통 독립 대조 (PIC) 분석 해주기 dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts 클래스를 사용하여 수행 될 수있다.
단순화 포함 유착 시뮬레이션 (종 트리의 유전자 트리).
변경 :
as_string에 키워드 인수 (), write_to_path (), write_to_file 등 방법은 넥서스와 Newick 형식에 대한 일관성이 될 쥐게되었다. 이전 키워드는 여전히 지원되지만 더 이상 사용되지 않습니다. REF : 지원 키워드 인수의 새로운 집합에서 볼 수있는 넥서스와 Newick 작성 사용자 정의 & # x3c; Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # X3E을; 섹션.
넥서스과 Newick 지금 분류군 라벨 문자를 구분을 구분하는 기본 형식; 대소 문자 구분에 대한 거짓 case_insensitive_taxon_labels을 = 지정합니다.
버그 수정:
되는 다음 블록에 더 이상 결과가 인터리브 문자 스킵 행렬 읽기 없습니다 (NEXUS).
요약 통계를 계산할 때 OverflowError을 붙 잡았다.

버전 3.8.0의 새로운 기능 :

트리 개체가 지금 중간에서 rerooted 할 수 있습니다 (Tree.reroot_at_midpoint ()를 참조).
주석 (즉, 트리,했다 & quot 한 노드 또는 Edge 객체의 속성, 주석 () & quot; 그들을 호출)은 넥서스를 작성 / NEWICK 형식 지금 메타 데이터 주석 (;; & 필드 = 값] & quot & quot)과 같이 쓸 수있다 키워드 인수 annotations_as_comments 경우에 사용된다.
extract_comment_metadata을 지정, 넥서스 / NEWICK 형식 나무에서 읽을 때 = 메타 데이터 주석에 발생합니다 사실은 키 필드 값을있는 필드 이름과 값 인으로, 사전에 들어갔습니다.
넥서스 형식의 데이터를 읽을 때, 블록 처리 및 문자 세트 관련 CharacterDataMatrix에 해석됩니다 설정합니다.
(예를 들어, 넥서스에서 구문 분석 블록 SETS, 같이 위 참조) 문자 세트는 새로운 CharacterDataMatrix 개체로 내보낼 수 있습니다, 등 / / 저장 조작 할 수. independentally.
넥서스 또는 NEWICK 형식으로 작성할 때, 키워드 인수 (참 또는 거짓) write_item_comments 나무에 노드와 관련된 확장 코멘트 작성 여부를할지 여부를 제어 할 수 있습니다.
dendropy.treesum에 추가 TopologyCounter 클래스 : 토폴로지 주파수를 추적 할 수 있습니다.
treesplits.tree_from_splits은 () 분할의 세트 (토폴로지 전용) 나무의 구성을 할 수 있습니다.
'dendropy.treemanip'로 사용되는 대부분의 기능은 이제 dendropy.Tree 클래스의 기본 방법으로 마이그레이션되었습니다. 'dendropy.treemanip'은 더 이상 사용되지 않습니다.
나무는 지금 제거하거나 (이전 방법은 분류군 개체의 목록을 받아들이는) 계속 분류군의 레이블 목록을 기반으로 정리 될 수있다.

새로운 기능 :

버전 3.7.1의 새로운 기능 :
'일반 샘플링 접근'의 구현 (. 하트만 등 2010 : 샘플링 나무 진화 모델에서, SYST BIOL 49, 465-476.). 출생 - 사망 모델에서 나무를 시뮬레이션하는 방법.
변경 :
일부 확률 함수에 대한 올바른 / 일관성있는 이름.
버그 수정:
'- 분할 가장자리'옵션 SumTrees '-e'/를 사용할 때 출력 파일의 덮어 쓰기를 확인 버그.
'taxon_set'로 수정 'taxa_block'고대하고 회색 빛을 띤 반 화석 참조.

버전 3.7.0의 새로운 기능 :

BSD 스타일의 라이센스로 마이그레이션.

어떤 버전 3.6.1의 새로운 기능 :

SumTrees 이제 이전 파이썬 버전 (예 : & # x3c; 2.6)에서 (시리얼 모드에서) 작동합니다.
파이썬 2.4.x.과의 호환성을 위해 수정

버전 3.5.0의 새로운 기능 :

추가 ladderize () 메소드 (기본값) 오름차순 또는 (ladderize (오른쪽 = TRUE)) 순으로 노드를 주문합니다.
추가 & quot; 짐승 - 요약 트리 & quot; 스키마 사양은 비스트 주석 합의 나무를 처리합니다.
dendropy.interop.ncbi을 : NCBI 데이터베이스와 상호 작용하기위한 새로운 모듈을 추가했습니다.

버전 3.4의 새로운 기능입니다.

번들 ez_setup.py는 최신 버전으로 업데이트되었습니다.

요구 사항 :

파이썬 2.4-3.0