Biopython

개발 한 개발자의 국제적인 팀 그것은 생물 정보학의 현재와 미래의 작품의 요구를 충족 파이썬 라이브러리와 응용 프로그램을 개발하기 위해 분산 공동 노력의

이 릴리스의 새로운 기능 무엇 :.

Bio.Phylo 지금 Yanbo 너희로 GSoC 작업에 트리에서 건설 및 합의 모듈을 가지고 있습니다.
Bio.Entrez가 자동으로 다운로드하고 사용자의 홈 디렉토리에 XML 파싱을위한 새로운 NCBI DTD 파일을 캐시 (시스템처럼 유닉스 ~ / .biopython를 사용하고 Windows에서 $ APPDATA은 / 바이오 파이썬)합니다.
Bio.Sequencing.Applications 이제 samtools 명령 줄 도구에 대한 래퍼를 포함한다.
Bio.PopGen.SimCoal는 이제 fastsimcoal 지원합니다.
SearchIO의 hmmer3 텍스트, hmmer3 탭 및 hmmer3-domtab 지금 hmmer3.1b1의 출력을 지원합니다.
BioSQL 이제 MySQL 데이터베이스에 연결 MySQLdb에 대한 대안 (파이썬 2 만)으로 (파이썬 2, 3, PyPy 가능) MySQL의 커넥터 패키지를 사용할 수 있습니다.

버전 1.63의 새로운 기능 :

이 지금 내장 된 다음 기능 파이썬이 스타일의 반복자 '.next () 메소드 대신에 파이썬 3 스타일을 사용합니다.
현재 버전은 2to3 라이브러리의 요구 사항을 제거했다.

버전 1.62의 새로운 기능 : 공식적으로 파이썬 3 지원 바이오 파이썬의

이 첫 번째 릴리스.

버전 1.60의 새로운 기능 :

새로 모듈 Bio.bgzf 가장 일반적으로 읽기 및 쓰기 BGZF 파일 (차단 GNU 우편 형식), 효율적인 랜덤 액세스와 GZIP의 변형을 지원 BAM 파일 형식의 일부로하고 tabix에 사용되는.
의 GenBank / EMBL 파서는 이제 인식 기능의 위치에 대한 경고를하고 구문 분석 (없음으로 기능의 위치를​​ 떠나) 계속됩니다.
Bio.PDB.MMCIFParser는 기본으로 컴파일 (하지만 여전히 자이 썬, PyPy 파이썬 3에서 사용할 수 없습니다)입니다.

버전 1.59의 새로운 기능 :

이 새로운 모듈 Bio.TogoWS는 TogoWS REST API에 대한 래퍼를 제공합니다.
NCBI Entrez의 가져 오기 기능 Bio.Entrez.efetch은 EFetch 2.0에서 여러 ID 인수의 NCBI의 엄격한 처리를 처리하기 위해 업데이트되었습니다.

버전 1.58의 새로운 기능 :

이 PAML (최대 가능성에 의한 계통 분석) 프로그램의 패키지뿐만 아니라 codeml, baseml 및 yn00을 지원하기위한 새로운 인터페이스와 파서 CHI2의 파이썬 재 구현은 Bio.Phylo.PAML 모듈로 추가되었습니다.
(PHRED 자질이라고 서열을 포함 모세관 시퀀싱 추적 파일,; 생거 & quot & quot) Bio.SeqIO 지금 ABI 파일에 대한 읽기를 지원합니다.
Bio.AlignIO & quot; FASTA-M10 & quot; 파서 빌 피어슨의 FASTA 버전 3.36에 사용 표시선에 대응하도록 업데이트되었다.

버전 1.57의 새로운 기능 :

이 바이오 파이썬은 이제 핍 설치할 수 있습니다.

버전 1.56의 새로운 기능 :

이 Bio.SeqIO 모듈은, (특허 데이터베이스에 사용) IMGT 파일 (EMBL의 변형을 단백질 EMBL 파일을 지원하도록 업데이트되었습니다 열린 우리당 Laserson) 및 UniProt XML 파일의 도움으로, 파일 포맷입니다.

버전 1.55의 새로운 기능 :

이 많은 작업 (2to3 스크립트를 통해) 파이썬 3 지원으로 왔지만, 우리가 뭔가를 파산하지 않는 한 변경 사항을 알아 채지 못합니다 .
새로운 기능의 관점에서, 가장 현저 하이라이트는 명령 줄 도구 응용 래퍼 클래스가 훨씬 쉽게 외부 툴을 호출해야하는, 현재 실행 가능하다는 것이다.

이 요구 사항 :

이 파이썬 2.6 이상