SPInDel workbench

SPInDel은 리보솜 RNA (rRNA의) 유전자 영역의 길이를 기준으로 생체 식별을위한 대안적인 접근 방법이다. 일반적으로 다른 종에서 차 rRNA 유전자 서열 정렬은 모두 염기 치환 약관 (일반적으로 "SNP를"라고도 함) 및 삽입 / 삭제 (INDEL) 행사에 염기 보존과 변화의 교류 영역을 보여줍니다. "-"서로 다른 길이의 시퀀스에 삽입이나 삭제 결과의 존재는 일반적으로 대시로 표시 정렬 격차를 소개합니다.
보존 영역이 가변 세그먼트 시퀀스의 조합이 각각 종 ( "SPInDel 프로필")의 특징이다 길이있는 ( "SPInDel 가변 영역")를 정의하는데 사용되는 다음과 같이 생체 식별을위한 우리의 컨셉은 rRNA 유전자 서열을 사용한다. 따라서, 각 종의 고유 한 숫자 프로파일에 의해 정의 될 수있다.
이론적으로, 20 대립 각 (또는 5 대립 각을 11 지역)에 단지 6 가변 영역의 조사 번호 5 백만 사이 (15)로 추정되는 지구상의 모든 진핵 생물 종을, 차별에 충분하다. 실제로, SPInDel 낮은 종자 간 변화와 높은 계통 해상도 진핵 생물 종의 93.3 %를 구별 할 수 있습니다.