mpiBLAST

mpiBLAST는 NCBI의 BLAST의 MPI 기반의 병렬 구현입니다. 이 프로젝트는 formatdb를 교체하고 설치 MPI와 컴퓨터 클러스터에서 병렬로 BLAST 작업을 실행 버전의 blastall 프로그램의 한 쌍으로 구성되어 있습니다. 기존의 BLAST 대 mpiBLAST를 사용하는 두 가지 주요 이점이 있습니다.
먼저, mpiBLAST는 클러스터의 각 노드에 걸쳐 데이터베이스를 분할한다. 데이터베이스의 각 노드의 세그먼트이기 때문에 작은 그것은 일반적으로 인해 디스크 I / O의 제거에 상당한 속도 향상을 산출, 버퍼 캐시에 상주 할 수 있습니다. 둘째, 프로세서 간 통신 요구가 낮아서 BLAST 사용자 효율적인 저비용 울프 클러스터를 활용할 수있다.
mpiBLAST 데이터베이스가 RAM에 비해 너무 큰 상황에서 슈퍼 - 선형 속도 향상을 실현하고, 다른 상황에서 선형 속도 향상 근처. 그것은 전용 클러스터를 필요로하지 않습니다.
요구 사항 :