Cell Electrophysiology Simulation Environment

셀 전기 생리학 시뮬레이션 환경 (CESE)는 구체적으로 예를 들면, 전기 생리 계산 시뮬레이션을 수행하도록 설계된 광범위한 프레임 워크, 심장 근육 세포의 전기적 활동의 시뮬레이션.
셀 전기 생리학 시뮬레이션 환경 활동 전위, 개별 이온 전류, 및 이온 농도의 변화를 시뮬레이션하는 데 유용합니다.
CESE는 자바 런타임 환경 (JRE) 버전 1.4 이상이있는 시스템에서 실행, 크로스 플랫폼 프로그램입니다. 그것은 윈도우, 리눅스, 솔라리스, 맥 OS X, 및 AIX에서 테스트되었습니다.
CESE 사용자
CESE는 전기 생리 다양한 모델을 이용하여 계산 시뮬레이션을 수행하기위한 통합 된 환경이다.
이 단계에서 CESE 창조하고 (호 지킨 - 헉슬리 (HH)과 마르코프 현재 제제를 모두 포함) 단일 셀 모델의 실행을 할 수 있습니다. 소스 코드와 함께 심장 근육 세포의 전기적 활동의 모델은 CESE 배포판에 포함되어 있습니다. 우리는 가능한 모델 번호를 확장하고, 미래의 특정 모델의 연결을 추가 할 것을 희망한다.
CESE의 주요 장점은 균일 & # 65533에; 프로그램 인터페이스 모델 이종 동일하게 유지된다. 당신은 쉽게 모델 전환 및 시뮬레이션 출력을 비교할 수 있습니다. 모델 파라미터는 출력 선택 및 / 또는 같은, 표준 방법에 채워, 변형 될 수있다.
CESE은 "전압 클램프"종래의 전기 생리 학적 의미를 확장한다. 넌 클램핑 명령 개별적 관심 모델 변수 설정 복잡한 조각 와이즈 기능 일 수 등 전압 (막 전위)를 포함한 사실상 모든 모델 변수, 전체 또는 개별 이온 전류, 이온 농도, 온도, 게이팅 변수를 클램프 할 . 이 복잡​​한 모델 행동의 탐사에 대한 무한한 가능성을 엽니 다.
CESE는 간단하지만 효율적인 데이터 시각화를 제공합니다. 시뮬레이션 결과는 그래픽 및 표로 형태로 제시 될 수있다. 플롯을 사용자 정의, 관심의 영역은 확대 될 수있다.
CESE는 데이터 분석 툴하도록 설계되지 않았더라도, 당신은 전류 - 전압 관계 (I-대)를 생성하고, 프로그램 내에서 주어진 신호에 대한 통계적 파라미터들을 계산할 수있다. 당신은 ASCII로 데이터를 내보낼 수 있습니다, 축삭 텍스트 파일 (ATF), 그리고 netCDF의 형식은 당신의 마음에 드는 패키지 분석을 계속합니다.
CESE 개발자
자바 개발자가 사용할 수있는 가장 좋은 프로그래밍 방법 모두 사용자 인터페이스의 일관성과 코드 선명도와 재사용의 관점에서 통합까지 CESE는 지상에서 만들어졌습니다. 가능하다면, CESE 코드를 단순화하기 위해 (예를 Java2D에, 자바 빈즈, JAXP를 위해) 가능한 자바의 API에 의존하고 있습니다.
모델 생성은 하우스 키핑 코딩 될 기능 및 # 65533의 수를 요구한다; 이들은 당신이 콘크리트 이온 전류 (들)에 대한 코드 작성에 집중할 수, 따라서, CESE 등, 시뮬레이션 결과를 시각화 이러한 루틴에 대한 구현을 제공, 모델 매개 변수를 처리 저장 / 모델 상태를 복원 ODE 통합, 루틴을 포함하며, CESE는 나머지를 처리​​합니다.
CESE는 자신의 & # 65533에 복잡한 프로그래밍 프레임 워크를 만들려고하지 않습니다; 오히려 코어 자바 API를 이용한다. 예를 들어, 모델은 자바 빈즈 규격에 부합하는 자바 구성 요소입니다. 우리는 클램핑 명령을 지정하는 XML을 사용하고, Java 오브젝트 직렬화 / 저장 모델 파라미터를 복원.
이 릴리스의 새로운 기능 :