Staden Package

Staden 패키지는 DNA 서열 어셈블리 (Gap4), 편집 및 유닉스, 리눅스,에서라도 및 MS Windows 용 분석 도구 (스핀)의 완전히 개발 세트입니다.
Gap4 측면에서 관련 합류 몇 가지 사소한가 있었다
어떻게 점수의 개선은 내부 조인하고 찾기를 조인
가입 편집기에서 정렬 버튼의 기능을 제공합니다.
또한 gap4에 결과의은 (io_lib 할 수있는 다양한 변화입니다
다양한 추적 파일 형식에 대한 모든 I / O를위한 라이브러리). 추가함으로써
실험 파일로의 새 hash_exp 프로그램의 지금은 할 수 있습니다
함께 연결된 및 인덱스. 실험 파일 이름의 목록
STIL gap4에 공급하지만, EXP_PATH 환경을 제공해야한다
올바르게 설정되어있는 변수는 개별 가져올 수있을 것입니다 gap4
연결된 실험 파일 중 시퀀스
아카이브. 이를위한 사용자 인터페이스에 대한 개선은 여전히​​ 필요
했다.
454 SFF 아카이브는 이제 더 나은 지원됩니다. defsult 454 지수
hash_sff 프로그램을 제공하는 데 사용될 수 있지만, 이제, 작동
다른 인덱싱 전략 (아마도 더 빠른 경우에).
Gap4과 trev는 흔적에 대한 또 다른 추적 표시 스타일을 가지고 그
기본 통화 당 1 샘플 검사 (4 개 채널)을 가지고있다. 이 경우에는 수
또한 4 신뢰 값 대신베이스 당 1립니다. 이러한 능력
Solexa의 수 더 나은 통합 할 때 더 쉽게 추적
사용할 수 있습니다.
플러스 물론 버그 수정 및 사소한 조작의 일반적인 혼합. 참조
(소스 포지 사이트를 통해) 자세한 내용은 전체 변경 로그.
다른 주목할만한 변화
Gap4