SSuMMo

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SSuMMo는 분류군에 시퀀스를 할당 할 HMMER를 사용하여 주위에 반복적으로 설계 기능 & NBSP의 라이브러리입니다, 결과는 그 지역 사회 내 종 / 속 분포를 보여주는 매우 주석 나무입니다.
소스 코드에 포함 된 프로그램 도구를 포함한다 : -
- 숨겨진 마르코프 모델의 계층 데이터베이스 구축 - dictify.py을;
- 인식 분류 학적 이름 시퀀스를 할당 - SSUMMO.py을;
- 심슨, 섀넌 및 다른 methods- rankAbundance.py를 사용하여, 생물 다양성을 분석;
- 쉽게 데이터 세트를 상호 비교하는 독특한 능력을 가진 분지도로 결과를 시각화 - comparative_results.py을
- phyloxml 형식으로 결과를 변환 : dict_to_phyloxml.py을;
- 빌드 HTML 표현 - dict_to_html.py.
- 플롯 진공 곡선과 생물 다양성 지표를 해당 계산
파이썬 소스 코드는 구글 코드를 여기에 제공됩니다. HMM에의 사전 구축 된 계층 적 데이터베이스뿐만 아니라 (각 분류군의 계급을 추론에 사용) 최적화 된 SQL 분류법 데이터베이스에서 다운로드 할 수 있습니다 : - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
설치 정보 내용은 README를 참조하십시오. 사용 내용은 위키 (위)가, 및 예비 사용자 매뉴얼은 svn의 트렁크에 추가 된

이 요구 사항 : 있습니다.

파이썬