NCBI C++ Toolkit

제한은 사용하지와 함께

NCBI C ++ 툴킷은 무료, 휴대용, 공개 라이브러리를 제공합니다. 그것은 유닉스, MS 윈도우 및 Mac OS 플랫폼에서 작동합니다 :
ย ท IOSTREAM 어댑터와 네트워킹 및 프로세스 간 통신 (IPC) 라이브러리
ย ท 멀티 스레딩 라이브러리
ย ท의 CGI와 패스트 CGI 라이브러리
ย ท HTML 생성 라이브러리
ย ท SQL 데이터베이스 액세스 라이브러리
버클리에 대한 ย ท C ++ 랩퍼 라이브러리
ย ท C ++ IOSTREAM 어댑터 / 래퍼 라이브러리
IOSTREAM 어댑터 ย ท GZIP과 BZ2 C ++ 래퍼 라이브러리
ย ท ASN.1 및 C ++ 코드 생성기 도구와 XML 직렬화 라이브러리 (datatool)
ย ท 날짜 및 시간 라이브러리
ย ท 파일 시스템 기능 라이브러리
ย ท 명령 줄 인수, 구성 및 환경 처리 라이브러리
ย ท 순서 정렬 알고리즘 라이브러리
ย ท BLAST 엔진 라이브러리
ย ท 생물 시퀀스 검색 및 처리 라이브러리
ย ท 휴대용 FLTK와 OpenGL 기반의 GUI 및 그래픽 라이브러리
위 외에도 훨씬 더 유용하게 이용할 수있는, 모두 범용 및 생명 공학 관련 지속적으로 개발, 유지 및 웹 및 독립 실행 형 응용 프로그램과 프로그래머의 수백에 의해 실제 생산에 사용된다 (또한 수백 계산)이 있습니다.
당신은 C ++ 개발자라면 당신은 생물 정보학에 많은 관심을 가지고 있지 않은 경우에도 당신은 크로스 플랫폼 애플리케이션을 구축하는데 매우 유용한 라이브러리의 휴대용 성격을 찾을 수 있습니다. 이러한 CGI / 빨리 CGI, HTML, 네트워킹, SQL 데이터베이스 액세스, 및 ASN.1 XML 직렬화 것과 같은 라이브러리는 매우 범용이며 생물 정보학 문제 영역 밖에 다양한 용도에 사용될 수있다.
라이브러리가 매일 밤 건설되고와 C ++ 툴킷은 적극적인 개발을 겪는다. 소스 코드는 FTP와 CVS를 통해 자유롭게 사용할 수 있습니다. C ++ 툴킷에 대한 문서는 아크로뱃의 PDF 형식으로 다운로드 할 수있는 책으로도 NCBI 책장 형식으로 온라인으로 제공하고있다

이 릴리스의 새로운 기능입니다 무엇 : 있습니다.

하이라이트 :
하여 SQLite3를 기반으로 추가 LDS2 (로컬 데이터 저장 2 절)는 새로운 기능과 향상된 성능을 가지고있다. 또한 개체 관리자에서 LDS2를 사용하는 LDS2 데이터 로더를 구현했습니다.
XmlWrapp -이 편리한 XML 처리 API는 대부분 완성 된 (심지어 광택)이었다.
HTTP 프록시를 통해, 보안 소켓의 터널링 및 HTTP 연결의 인증 및 터널링을 구현했습니다.
CFormatGuess 이제 GTF, GFF3 및 GFF2 구별 할 수 있습니다. 그것은 아마도 깨는 변화입니다. 더 자세한 사항은 아래를 참조하십시오.
CFeatTree의 구현 주요 부분은, 자신의 부모 - 자식 관계를 반영하는 계층에 생물학적 순서에 정의 된 기능을 구성하는 클래스 (기능 서브 타입에 따라).
어도비에서 :
두 배로 백업하는 문자열의 로케일 독립적 인 변환을 구현; 변경된 핵심 라이브러리를 사용합니다.
NStr는 :: () 맞춤 - 텍스트의 단락의 서식.
CNcbiApplication - FindProgramExecutablePath 정적, 그리고 더 강력하게; 정적 높은 수준의 GetAppName 방법을 추가 할 수 있습니다. 많은 경우에 글로벌 설정 파일을 찾습니다.
CMetaRegistry :: FindRegistry -로드 할 파일 (있는 경우)를 결정하는 논리를 노출하는 새로운 방법.
CEnvironmentCleaner - 새로운 클래스는 원치 않는 환경 변수를 무시합니다.
CFileIO - 원래 동작으로 돌아 가기 :이 SetFileHandle를 통해이 할당되면 파일 핸들을 닫지 마십시오 ().
SERIAL :
AnyContent 데이터 객체의 직렬화 - 인식하는 고정 제대로 과정은 그 값의 속성.
그 내용이 없습니다 때 XML 데이터의 판독 보정 소자 디폴트 값으로 할당한다.
요소가 기본값이 요소의 시퀀스에 대한 지원이 추가되었습니다.
DATATOOL :
수정 코드 생성 :
CHOICE 데이터 오브젝트;
속성 바이너리 데이터 유형.
double 형 값의 수정 변환이 더 중요한 자리를 유지한다.
CONNECT :
추가 킵 얼라이브 소켓 옵션 (fSOCK_KeepAlive).
추가 NCBI의 연결 테스트 (CConnTest).
Utilites (유틸리티) :
g_FindDataFile - (구성) 표준 위치에 데이터 파일을 찾기위한 새로운 기능.
CChecksumStreamWriter - 새로운 클래스는 스트림에 기록 된 데이터의 체크섬을 계산합니다.
g_GZip_ScanForChunks () - 새로운 API는, 압축 된 스트림 위치를 조회합니다. 연결된 GZIP 파일 내부에 별도의 gzip으로 파일의 위치를​​ 얻기를위한 구현을 추가했습니다.
추가 압축 / 압축 해제 스트림 조작기 (/ UTIL / 압축 / stream_util.hpp 포함).
CFormatGuess (UTIL / format_guess. {(H / C)} PP)는 아마도 주요 변경으로 업데이트되었습니다. 이것의 목적은이 CFormatGuess GTF, GFF3 및 GFF2 구별 할 수 있도록하는 것이다. 현재는 하나의 'eGtf'값으로 그 형식을 모두 덩어리. 이전 'eGtf'값 (3) 'eGtf_POISONED'로 대체되고, 다시 반환되지 않습니다. 'eGtf'(21)의 새로운 값은 CGtfReader (objtools / 리더 / gtf_reader.hpp)로 읽어야 파일을 의미합니다. 새 값 'eGff3'(22) 파일 파일입니다이 CGff2Reader 읽을 수 의미 CGff3Reader (objtools / 리더 / gff3_reader.hpp)와 'eGff2'(24)로 읽을 수하기위한 것입니다 (/ objtools / 독자를 포함 /gff2_reader.hpp)
BIO-제품 :
CBioseq :: GetNonLocalId - 더 상황에서 범위 사양 FASTA 파일에서 가져온 장소 서열에 도움을 줄 수있는 새로운 방법; CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (마찬가지로 신규) 래핑.
CSeq_id :: IdentifyAccession - 구현 또는 DDBJ TPA WGS 데이터의 새로운 가능성에 해당하는 일부 더 접두사 (GA, HH, HI, HO-HU, JA-JO, EAAA-EZZZ 및 IAA-이즈에 대한 인식을 개선 )과) 대부분 EMBL에서 (TPA 단백질 가입 나에 혼합,하지만 너무의 GenBank의 일부.
새로운 플래그 비트에 의해 WGS 마스터 가입 나 구별. 지나치게 엄격한 PDB 인식 논리를 휴식.
CSeq_id :: IsValidLocalID, CSeq_id :: ParseIDs - 일반 텍스트 시퀀스 식별자 작업을위한 새로운 기능, CFastaReader의 인수 분해 다소 일반화.
SSeqIdRange - (파서과 온 - 더 - 플라이 & quot 완료, 반복자 & quot;) 새로운 유형의 일부 FASTA defline 소스 수정 같이 존재하는 서열 번호-ID 범위, 작업을위한.
BIO-TOOLS :
CFastaOstream은 - 선택적으로 하나의 시퀀스에 대한 사용자 정의 제목을 받아들입니다. 태그 선도하는 'C 형의 부정적인 가닥 범위.
CFastaReader은 - 음의 가닥 범위를 지원하고 장식 조각의 소형 defline 스타일의 갭 구문 (& quot; N은 숫자입니다;있다 N & quot 또는 '있다 unk100 & quot;??).
코발트 :
정렬 제약 조건을 계산에 사용 된 순서에 따라 보존 된 도메인의 수를 제한 명령 줄 옵션 -num_domain_hits을 추가했습니다.
계통 발생 :
(예를 들어, BLAST 및 코발트 결과를) 순서 정렬에서 계통을 계산하기위한 높은 수준의 인터페이스를 추가했습니다. 클래스 CPhyTreeCalc은 계통 발생을 계산하고, CPhyTreeFormater는 Newick과 넥서스 형식으로 트리를 인쇄합니다.
BIO-개체 라이브러리 :
구현 CheckNumRows () 및 스파 스 정렬을위한 다른 방법.
메모리 사용량을 줄이기 위해 : 직렬화 후 정렬에 사용되는 메모리를 줄이기 위해 추가 읽기 후크; 나 스트랜드는 이제 메모리 가능한 중 하나 바이트를 사용한다; Score.value 선택은 지금 CScore에 포함된다.
CSeq_id :: GetLabel에 가입 대문자 ().
BIO-OBJECT 관리자 :
CTableFieldHandle에서 부울 필드에 대한 추가 취득 메소드.
CFeatTree에 따라 추가 GetBestGeneForFeat ().
CFeatTree에 GetBestOverlappingFeat () 구현됩니다.
빠른 cscope를 :: GetTaxid 추가 ().
ACC / VER, GI, 레이블 및 taxid 벌크 로딩을 구현했습니다.
추가 길이 제로의 격차는 CSeqMap과 CSeqVector 확인합니다.
결합 위치는 GetLength ()와 GetCoverage ()을 구현했습니다.
개선 :
추가 도우미 방법은 지역에 CFeatTree를 채우기 위해.
CFeat_CI 간단한 CSeq_loc_mix 위치의 가속화 매핑.
엄격한 모호성을 피하기 위해 CFeat_CI의 기능의 분류.
서열 번호 테이블이 너무 기능 CSeq_feat_Handle 게터는 이제 작동합니다.
서열 번호 테이블 기능은 이제 멀티 레벨 사용자 필드를 지원합니다.
분할 덩어리에있는 경우 비 서열 번호-위업 서열 번호 테이블은 지금도 인정 받고 있습니다.
CBioseq_Handle :: AddId를 가속화 ().
cscope를 :: AttachXxx을 최적화 ().
라는 주석의 지원 분할.
CSeqVector 및 CSeqVector_CI의 CanGetRange은 ()하는 대신 예외를 던지는 false를 돌려줍니다.
() ResetHistory에서 기존의 핸들을 처리하는 방법을 지정할 수 있습니다.
더 많은 기능이 CFeatTree에 추가하는 경우 다시 양육을 최적화.
cscope를 생성 / 삭제를 디버깅 할 가능성을 추가했습니다.
C ++ 정리 기능에 많은 변화가 이미이 BasicCleanup와 함께 할 일이 더는 아직이지만, 상당한 진전이 된 C.에 존재하는 정리 기능을 모방합니다. 약간의 작업은 아직 현재의 ExtendedCleanup에 대해 수행되었다.
CSeq_loc_Mapper 이제 GC-어셈블리로 초기화 할 수 있습니다.
버그 수정 :
CFeat_CI에 마이너스 가닥에 믹스 위치의 고정 매핑.
CFeatTree이 기능을 연결하는 방법으로 많은 수정.
여러 스레드 안전성 수정.
CSeq_annot_EditHandle에 추가를 정렬 및 그래프를 방지 고정 오타.
CFeat_CI의 기능을 정렬 할 때 예외에 대해 안전하게 보호.
의 GenBank 데이터 로더 :
등록 HPRD 외부 주석.
pubseqos / pubseqos2 리더의 선택 exclude_wgs_master의 PARAM을 추가했습니다.
ACC / VER, GI, 레이블 및 taxid 벌크 로딩을 구현했습니다.
추가 CGBDataLoader :: CloseCache ().
개선 :
cscope를 :: GetBioseqHandles 벌크 로딩 요청 ()를 사용합니다.
로드 얼룩의 유형으로 분리 리더 통계.
의 GenBank 디버그 메시지에 추가 된 타임 스탬프.
PubSeqOS 연결을 여는 IConnValidator을 사용합니다.
BLOB 분할 상태가 ID로 변경 될 때의 GenBank 캐시에 청크 요청 및 청크 하위 키에 추가 분할 버전은 잘못된 청크를 사용하지 않도록합니다.
개방 시간 초과 보조 덜 혼란 PARAM 이름을 추가했습니다.
곱하지 마십시오 연결 수로 카운트를 다시 시도하십시오.
객체 관리자 시험 및 데모 신청 :
id2_fetch_simple - 임의의 서열 번호-ID의의에 대한 추가 -id 옵션.
test_bulkinfo - 새로운 테스트 응용 프로그램입니다.
FASTA :
C ++ 기능 테이블 기능은 이러한 BankIt 프로젝트의 부분으로 더 많은 기능을했다.
asn2flat 유틸리티
(일부 비교적 작은 문제가 남아 있지만, 아마도이 시점에서 준비 해제)을 Flatfile 포맷 변경의 큰 숫자는 훨씬 더 가까이에 출시 준비 상태로 만듭니다.
XMLWRAPP :
XPath 식 실행 결과에 대한 참조를 복용하는 경우에 고정 세그먼트 오류.
추가 헬퍼는 외부 및 내부 하위 집합 공개 ID, 시스템 ID 및 DTD 이름을 얻을 수 있습니다.
추가 방법은 노드의 속성을 조회합니다.
XPath 식의 고정 실행 : 지금 주어진 노드에서 시작됩니다.
고정 검색 네임 스페이스가 제공되는 경우 (기본 포함) 속성.
명시 적으로 네임 스페이스를 등록 할 필요없이 XPath 식을 실행할 수있는 기능을 추가했습니다.
문서를 구문 분석하는 동안 오류와 경고를 수집하기 위해 컨테이너를 제공하는 기능을 추가했습니다.
노드의 기본 속성의 값과 네임 스페이스를 수정할 수있는 기능을 추가했습니다.
속성이 기본 인 경우 테스트하는 기능을 추가했습니다.
삽입 또는 계정에 자신의 이름 공간을 복용하는 동안 속성을 제거하는 기능을 추가했습니다.
문서를 저장할 때 XML 선언을 제거하는 기능을 추가했습니다.
WindowMasker :
새로운 입력 형식, & quot 추가; seqids & 만약 맞으면 이 입력 형식, 입력은 각 라인의 시퀀스 ID를 포함하는 파일이며,이 알고리즘은 서열을 찾기 위해 바이오 객체 관리자를 사용한다.
모든 WindowMasker 구성 매개 변수를 저장하기 위해, 새로운 클래스 CWinMaskConfig을 추가했습니다. 이 클래스는 명령 줄 인수에서 구성 매개 변수를 CArgDescriptions에 필요한 명령 줄 인수를 추가 한 다음 얻을하는 데 사용할 수 있습니다.
BUILD 프레임 워크 (UNIX) :
또한이 제공되지 않은 다른 * _PROJ 설정을 취소 할 수있는 단서가 APP_PROJ 또는 LIB_PROJ의 명령 줄 사양을 해석. (; 이전 작업을 계속할 수 있도록 일에 빌드 GNU는 확인이 필요합니다.)
하위 디렉토리에 더 많은 목표를 공급 : * _f (수요에 생산 지역 플랫 메이크 파일을 사용하여 나무의 다른 부분에 대한 종속성을 무시), * _fd, clean_sources 및 purge_sources (최상위 Makefile.flat 포장).
구성과 편의 스크립트 (컴파일러 / 유닉스 / * SH.)
주목할만한 새로운 플래그는 --without-3psw - 모든 제 3 자 소프트웨어 사용하지합니다.
GLEW에 대한 검사를 추가했습니다.
부스트 및 OpenGL에 대한 개선을 확인합니다.
다윈 (맥) 현대 툴체인있는 시스템에서 실행 경로를 지정하는 지원.
BLAST :
다윈 (맥 OS X)에, 그렇지 않으면 보편적 파워 툴체인 제한으로 인해 빌드도에 인텔 프로세서에 구축 할 수 있습니다.
WindowMasker 지원 사용할 수있는 NCBI 분류 ID를 검색에 대한 지원을 추가했습니다.
psiblast의 다중 서열 정렬 파일과 함께 질의 시퀀스의 규격을 허용.
추가 데이터베이스 지원을 하드 마스크.
번역 검색을위한 추가 데이터베이스 소프트 마스킹.
테이블 형식 보고서에 btop (BLAST의 추적 작업) 및 쿼리와 제목 길이에 대한 지원이 추가되었습니다.
명령 줄 응용 프로그램 - psiblast 여러 쿼리를 검색 할 수 있도록, makeblastdb 선택 사항 -input_type 추가
blast2sequences 모드에서 최고의 히트와 XML의 사용을 허용합니다.
원격 검색을위한 개선 된 서식 성능을 제공합니다.
makembindex 해주기 BLAST 데이터베이스에 저장된 정보를 이용하여 마스킹 BLAST 뉴클레오타이드 데이터베이스로부터 직접 마스킹 MegaBLAST 인덱스를 구축 할 수있다. 이 makembindex 새로운 명령 줄 옵션 -db_mask하여 수행됩니다. 이 옵션은 BLAST 데이터베이스가 지원하는 필터링 알고리즘의 정수 ID를 사용할 수 있습니다. 옵션은 -iformat BLASTDB와 관련하여 적용될 수있다.
BLAST 데이터베이스에서 지원 필터링 알고리즘의 숫자 식별자를 찾는데 도움을주기 위해 사용자, -show_filters 플래그가 도입된다. -iformat의 BLASTDB 및 BLAST 데이터베이스와 플래그를 적용하면 입력이 출력에 makembindex 사용할 수 필터링 알고리즘과 출구의 목록을 원인으로.
응용 프로그램의 넷 캐시 :
넷 캐시는 다음과 같은 기능을 포함하는 재 작업입니다 :
디스크 공간을 더 잘 관리;
잠글 수없는 얼룩과 작업을, 버전이 대신 사용됩니다;
멀티 포트 듣기와 클라이언트 당 설정 차별화.
넷 캐시 및 ICACHE API를 :
얼룩의 크기에 어디서나 UINT8 사용합니다.
부분 얼룩 검색을 허용합니다.
얼룩 암호 보호 기능을 도입; 빈 암호를 암호 없음으로 처리됩니다.
작업자 노드 API를 :
메모리 소비가 지정된 범위를 벗어나는 경우 작업자 노드를 종료하는 새로운 매개 변수 (파라미터 & quot을, total_memory_limit & quot;).
그것의 실행 시간이 지정된 범위를 벗어나는 경우 작업자 노드를 종료하는 새로운 매개 변수 (파라미터 & quot을, total_time_limit & quot;).
그리드 애플리케이션 :
netscheduled
큐 삭제 명령에 아무런 응답을 발생하지 않는 버그가 수정되었습니다.
remote_app
새로운 구성 매개 변수 (& quot; TMP_DIR 및 용어는) - 길이를 줄이기 위해 디렉토리 이름이 생성되는 방법을 일시적으로 제어 할 수 있습니다.
BLOB 쓰기 오류 로그를 취합니다.
netcache_control
부분 얼룩 검색을 허용합니다.
새로운 명령 -remove는 IDS에 의해 얼룩을 삭제합니다.
새 매개 변수 -auth 인증 문자열을 사용하여 지정합니다.
새로운 명령은 -reconf 및 -reinit 넷 캐시 관리자에 의해 사용.
netschedule_control
사용 호환 모드는 이전 작업자 노드와 netschedule_control 작업을 확인합니다.
cgi2rcgi.cgi
진행 메시지에 대한 자리 표시로 빈 넷 캐시 덩어리를 만들지 마십시오.
사용자에게보고되는 그리드 오류 로그를 취합니다.
작업 ID 매개 변수에 공백을 허용합니다.
JSON 형식의 작업 상태 정보 지원 출력.
허용 사용자 정의 HTML 템플릿은 GRID 오류 및 기타 이벤트에 대해 정의한다.
추가 노 캐시 HTTP 헤더는 중간 결과의 캐싱을 방지 할 수 있습니다.
ncfetch.cgi
새로운 매개 변수는 암호로 보호 된 얼룩에 액세스 할 수 있습니다.
파일 이름 & quot; 추가 매개 변수 & quot 해석; 다운로드 한 파일의 파일 이름.

이 버전 2008년 12월 31일의 새로운 기능 :

이 릴리스는 PSI-BLAST에서 특정 컬럼 pseudocounts을 계산하는 방법을 추가합니다.
그것은 그리드 서비스 라이브러리를 refactors.
그것은 모든 파일 API 클래스에 대한 단위 테스트 프레임 워크 및 오류 로깅을 추가합니다.
그것은 IRIX에 pthread에 지원을 해결합니다. 그것은 XML 직렬화의 지원을 강화한다.
이 사이베이스에 대한 지원을 해결합니다.
그것은 작은 쿼리에 대한 작은 룩업 테이블에 대한 지원을 추가합니다.
그것은의 GenBank 로더 통계를 검색하는 API를 추가합니다.
그것은 다른 향상된 기능, 속도 향상 및 버그 수정 모듬있다.