Marvin

마빈 프로젝트는 그리기 표시하고 화학 구조, 하부 구조 및 반응을 특성화 자바 도구 모음을 제공합니다.
마빈은 쉽게 바탕 화면에 설치하고 완벽하게 그것의 응용 프로그램 프로그래밍 인터페이스 (API)를 통해 웹 페이지 및 타사 응용 프로그램에 통합 할 수 있습니다.
마빈 제품군은 다음과 같은 도구로 구성
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter
애플릿 또는 콩?
마빈은 사용 방법에 따라 두 가지 패키지로 제공된다 :
* 웹 개발자를위한 마빈 애플릿
* 화학자의 바탕 화면 및 소프트웨어 개발자를위한 마빈 콩.
마빈 애플릿은 대부분의 브라우저 (인터넷 익스플로러, 파이어 폭스, 사파리, 오페라 등) 그들은 자바 스크립트 / 액세스를 제공하고 애플릿 매개 변수에 의해 사용자 정의 할 수 있습니다와 호환되는 화학 웹 페이지를 구축하기위한 도구입니다.
마빈 콩은 자바 응용 프로그램에 마빈 기능을 통합 쉽게 설치 데스크탑 용 응용 프로그램 및 도구

이 릴리스의 새로운 기능입니다 무엇 : 있습니다.

MarvinSketch :
chemicalize.org 공공 데이터베이스 검색.
가능성 MarvinSketch 리간드 순서를 변경합니다.
안개 효과는 다양한 방법으로 제어 될 수있다 :
자동 안개 효과를 해제하도록 안개 효과의 강도와 체크 박스를 설정하는 스케치 / 전망 GUI의 기본 설정 대화 상자의 표시 탭에서 슬라이더가 있습니다.
애플릿과 콩 매개 변수 소개 : fogFactor을 automaticFogEnabled. (포럼 게시글).
그룹 연결 지점에 연결하면 자동으로 더 이상 Sgroup 그룹을 해제하지 않습니다.
S 그룹의 컨텐츠의 결정 : 여러 및 일반 S-그룹이 브래킷을 교차 결합 사이의 전체 서브 그래프를 포함해야합니다.
S-기 함량의 업데이트 브래킷 위치가 변경하는 경우 : 브래킷 또는 구조 중 하나가 이동된다.
S 그룹의 삽입과 오버랩 분자 일관성 검사에서 확인됩니다.
SMARTS 수입은 이중 결합 (포럼 게시글) 지방족 탄소를 지원합니다.
SMILES 가져 오기 / 내보내기는 알렌을 지원합니다.
큰 화합물 내부 조각에 대한 전통적인 이름 생성 (예를 들어 & quot을, 덱스 트로 메 토르 판 브롬화 수소 산염 & quot;)을 사용하고 있습니다.
CAS 번호 변환을 지원합니다.
DocumentExtractor에서 향상된 OCR 오류 수정 (누락 쉼표, 오인식 괄호 유형, 여분의 공백, ...).
PDF 문서에 문서 추출기는 지금 히트의 페이지 번호를 제공합니다.
구조 이름과 이름 - 구조의 일반적인 이름에 대한 지원이 향상되었습니다. 이름 가져 오기에 대한 일반 지원은 일반에 대한 5 %이고 체계적인 이름에 대한 10 % 증가했다. 전환 속도가 약 20 %만큼 증가된다.
Windows 용 JChem와 마빈 콩의 설치는 Cygwin에서에 대한 쉘 스크립트의 압축을 풉니 다.
베 미스-Murcko 프레임 워크에 exocycyclic 그룹을 보존합니다.
할로겐 열거하는 동안 둘 이상의 연결을 가질 수 있습니다.
향기로운 채권은 동성 속성 검사에 대한 이중 결합의 수를 계산하는 동안 간주됩니다.
올가미 선택 모드는 MSketchPane (포럼 주제)에서 디폴트로 설정 될 수있다.
새로운 기능은 isChiral는 TopologyAnalyzer에 추가되었습니다.
새로운 Chmical 약관 기능 : isQuery (), fieldAsString ().
버그 수정 :
그룹을 생성하는 그래프 불변 변경 수 (포럼 게시글)를 증가하지 않았기 때문에 이름 상자에 그룹을 생성 한 후 업데이트되지 않았습니다.
MarvinSketch 응용 프로그램 이해 및 없음의 않았다 - {이름 괄호}; 명령 줄 매개 변수.
되면 구조된다 리눅스에서 호출 된 온라인 메뉴를 구성 찾기, 기본 브라우저는 결과 (포럼 주제)을 표시 감지 할 수 없습니다.
압축되지 않은 버전이 캐시 (즉, 비 압축이 마빈하여 웹 서버에 의해 자동으로 수행하고 있지 않은 경우)에 저장된 경우 자바 캐시에서 isotopes.data 파일의 로딩에 실패했습니다. 포럼 주제, 문서.
그래픽 객체는 형상 플러그인 결과 창에 표시되지 않았다.
전자 흐름 화살표에서 강조의 파란색 상자는 (포럼 주제)를 놓쳤다.
정의가 삭제 된 경우 리간드 순서는, 발판에 표시되지 않은 경우에도 & quot; 항상 & quot; 디스플레이 옵션은 quot 및 설정되었다 리간드 주문 및 quot를; 환경 설정 대화 상자에서.
다기관 원자의 인덱스는 R-그룹에 연결된 경우 MDL 몰 형식으로 내 보낸 후에 손상되었다.
사각형이 MRV 가져 오기 / 내보내기 (포럼 게시글) 동안 손상에 붙어 화살표.
1 문자 펩타이드의 가져 오기는 하나의 히스티딘 (포럼 게시글)에 실패했습니다.
암시 적 수소는 SKC에서 가져 누락되었다.
MolAtom의 널 (null) 속성 값은 수출 / MRV 형식으로 수입되지 않았습니다.
특정 SMARTS을 가져 오면, 잘못된 결합 형 대신 단일 또는 방향족 채권의 결정되었다.
켐에서 그린 CDX 파일에서 가져온 특정 대괄호가 잘못된 방향으로 표시했다.
SMARTS 수출 : 방향족 고리 1 원자 단일 결합 이웃 대신 방향족 / 하나의 단일 결합으로 수출되었다.
SMARTS 형식의 링크 노드와 R-그룹과 내보내기 쿼리가 잘못되었습니다.
H 원자의 취급 SMARTS 식의 모호한했다.
몰 파일 주석 필드 가져 오기에 실패했습니다.
특정 미소의 가져 오기 잘못 (포럼 게시글)이었다.
템플릿 링 (또는 링 시스템)의 일부로서 대상에 위치 할 수 체인 부분을 포함하는 경우 우리는 템플릿의 일부를 무시해야합니다.
Clean3D의 미세 Hydrogenize와 옵션은 S-그룹 자동 (포럼 주제)를 그룹 해제하지 않았다.
Molecule.contractSgroups ()는 분자 좌표 (포럼 게시글)를 엉망.
명시 적 수소가 제대로 시스 / 트랜스 입체 계산에 고려되지 않았다.
호변 생성기는 일부의 경우는, ArrayIndexOutOfBoundsException 던져.
동성 열거 일부 VMN 입력을위한 일관성 분자를 생산했다.
잘못된 요금은 CovalentCounterion 해결사를 적용한 후 계산합니다.
StructureChecker 명령 줄의 로그 출력 형식은 마법사의 출력 형식 달랐다.
ChiralFlagErrorChecker 제대로 키랄성 (chirality)을 처리하지 않았다. 패리티 정보로부터 산출 키랄성 그것은 TopologyAnalyser isChiral의 방법에 따라 구현을 사용했다.

이 기본 또는 끝 지점이 채권 (포럼 게시글) 때 무엇 전자 흐름 화살표의 버전 5.4.0.1:

Highlighting에서 새로운 것은 잘못이었다.
직렬화 된 메뉴 구성은 작동하지 않았다.
다기관 원자의 인덱스가 잘못 R-그룹이 다기관 원자 (위치 ​​변화 채권)에 연결된 구조물의 경우 MDL MOLFile 내보내기 중에 작성된.
암시 적 수소는 ISIS /의 Symyx 스케치 파일 형식으로 구조 가져 오기 또는 붙여 넣기 (SKC 파일 형식) 후 원자에서 누락되었다.
켐의 이전 버전에서 내 보낸 회전 된 그래픽 객체를 포함 CDX 파일을 가져올 수 없습니다.
호변 이성질체 계산
일반 호변 일부 경우에 충분히 고유하지 않았다. 때문에 해결하려면, 일반 호변 방향족 양식을 제공한다.
Canoncical 토토 머 계산으로 인해 dearomatization의 수정으로 향상되었습니다.
쐐기 결합과 연결 명시 적으로 수소와 특정 구조는 일반적인 tautomerization 동안 예외를했다.
볼륨 계산 cxcalc에서 누락되었습니다.
구조 검사 대신 잘못된 구성 파일을 무시하고 NullPointerException을 던졌다.

이 버전 5.1.03.2:

IUPAC 이름 가져 오기의 새로운 기능 : 구조 IUPAC 이름을 변환.
OLE 2 지원 : 붙여 넣기 MarvinSketch의 향상된 지원은 MS 오피스 문서에 개체.
화학 조건 : 마빈에서 명령 행, API 및 (애플릿) 자바 스크립트에서 사용하실 수 있습니다.
독립 실행 형 버전으로, 다른 응용 프로그램에 구현 된 구성 요소로 모두 시작시 MarvinSketch과 MarvinView의 초기화를 가속.

이 요구 사항 :

이 J2SE (Java 2 Standard Edition)의 런타임 환경