BioJava

그것은 일반적인 파일 형식에 대한 분석 및 통계 루틴, 파서를 제공하고, 시퀀스 및 3D 구조의 조작.

바이오 자바는 생물 정보학 세계에서 자바의 가능성을 탐구하기위한 도구입니다

을이 릴리스의 새로운 기능 무엇 :.

• 일관된 오류 로깅. SLF4J 로깅에 사용되는 모든 주요 로깅 구현을위한 어댑터를 제공한다.
  예외의
• 향상된 처리.
• 제거되지 않는 방법.
• 바이오 자바 튜토리얼을 확장.
• 업데이트 의존성 해당되는 경우.
  메이븐 중앙에서 사용 가능
• .

을 버전 4.0.0의 새로운 무엇 :

• 일관된 오류 로깅. SLF4J 로깅에 사용되는 모든 주요 로깅 구현을위한 어댑터를 제공한다.
  예외의
• 향상된 처리.
• 제거되지 않는 방법.
• 바이오 자바 튜토리얼을 확장.
• 업데이트 의존성 해당되는 경우.
  메이븐 중앙에서 사용 가능
• .

<강한>는 어떤 버전 3.1.0에서 새로운

• 새로운 기능 :
• 추가 매개 변수와 CE-CP 1.4 버전,
• 범위 2.04으로 업데이트
• 구문 분석 FASTQ 개선
  구문 분석 PDB에
• 수정 버그
• 구조의 정렬에 사소한 수정

을 버전 3.0.8의 새로운 무엇 :

• 새로운 기능 :
• 의 GenBank 작가
• UCSC에서 핵형 파일 파서
• UCSC에서 유전자 위치에 대한 파서
• 유전자 이름에 대한 파서 genenames.org에서 파일을
• 생존 분석을위한 콕스 회귀 코드 모듈
• 가 접촉 할 수있는 표면 영역의 계산 (ASA)
• .OBO 파일을 구문 분석 모듈 (온톨로지)
• 개선 :
• SCOP 버클리 - SCOP 분류의 표현

을 버전 3.0.7의 새로운 무엇 :

는

• 는 기본의 GenBank 파서를 추가 .
  N으로 코돈을 번역 할 때
• 문제가 수정되었습니다.
  <리> 지금 단백질 구조의 결합을 추론 할 수있다.
• 생물 및 발현 시스템에 대한 mmcif 기록을 구문 분석 지원을 추가했습니다.
• 많은 작은 버그 수정 및 개선.

을 버전 3.0.6의 새로운 무엇 :

• 개발에서 GitHub의 이동 : HTTPS : // github.com/biojava/biojava

을 버전 3.0.5의 새로운 무엇 :.

• CATH 분류를위한 새로운 파서
• 스톡홀름 파일 형식에 대한 새로운 파서.
• 단백질 구조 생물학 어셈블리 상당히 개선 표현. 이제 비대칭 장치에서 생물학적 어셈블리를 다시 만들 수 있습니다.
• 몇 가지 버그 수정.

을 버전 3.0.4에서 를 새로운는 무엇 :

이은으로 문제를 해결 주로 버그 수정 릴리스

• 입니다 단백질 구조 및 장애 모듈.
• 하나의 새로운 기능 :. SCOP 데이터가 지금 어느 영국이나 버클리 버전의 원래 SCOP 사이트에서 액세스 할 수 있습니다

을 버전 3.0.3의 새로운 무엇 :

• 웹 서비스 모듈을 크게 향상 (NCBI 폭발 및 HMMER 웹 서비스).
• & quot; 새로운 & quot; (버전 3에 바이오 자바 1 시리즈에서 이식) fastq 파서.
• UniProt 매핑에 가려-PDB를 지원합니다.
• Protmod 모듈은 modfinder로 변경.

을 버전 3.0.2의 새로운 무엇 :

• 단백질 구조 : 단백질 도메인의 향상된 처리 : 지금 SCOP를 지원합니다. 단백질 도메인 파서를 기반으로 단백질 도메인의 자동 예측을위한 새로운 기능을 제공합니다.
• 여러 다른 모듈에 마이너 개선 및 버그 수정.
• biojava3-AA-소품 :이 새로운 모듈은 물리 화학 및 단백질 서열의 다른 속성의 계산을 할 수 있습니다 .
• biojava3 - 단백질 - 장애 : 단백질 무질서 지역의 예측을위한 새로운 모듈. RONN 예측기의 자바 구현에 기초하여 그것.

<강한>는 어떤 버전 3.0.1에서 새로운

• 3.0.1 릴리스는 주로 버그 수정 바이오 자바 코드베이스의 주요 재 작성을 제공 출시 된 최신 3.0 놓습니다.

을 요구

• 자바 1.6 이상