Basic Local Alignment Search Tool

기본 로컬 맞춤 검색 도구는 짧은 BLAST에 사용 가능한 시퀀스의 모든 관계없이 쿼리가 단백질이나 DNA인지의 데이터베이스를 탐색하기위한 유사 검색 프로그램의 집합입니다.
이는 글로벌 선형 반대로 로컬 추구 휴리스틱 알고리즘을 사용하므로 유사성만을 격리 영역을 공유 시퀀스 간의 관계를 검출 할 수있다.
이는 전체로서 실행 로컬로 실행 할 수 있으며, 개인, 로컬 데이터베이스에 대해 BLAST 검색을 실행하는 데 사용될 수 있거나, NCBI 데이터베이스의 복사본을 다운로드. 그것은 맥 OS,에서 Win32, 리눅스, 솔라리스, IBM AIX, SGI, 컴팩 OSF 및 HP-UX 시스템에서 실행

이 릴리스의 새로운 기능 무엇 :.

이 개선을 :
향상된 문서, http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762에서 제공 단순화 된 설치 지침을 포함
BLAST 데이터베이스의 하드 마스크에 대한 지원이 추가되었습니다.
오류 검사를 개선, 시퀀스 많은 수의 FASTA 입력을위한 makeblastdb의 성능을 향상시킬 수 있습니다.
Blast2Sequences 모드를위한 최고의 히트 옵션 및 XML 형식을 허용
psiblast 여러 질의 시퀀스를 허용합니다.
-in_msa의 psiblast 인수와 함께 마스터와 같은 다중 서열 정렬 순서의 사양을 허용합니다.
makeblastdb하기위한 선택적 -input_type 인수를 추가합니다.
표 출력 쿼리 및 제목 길이에 대한 지원이 추가되었습니다.
-seqidlist 인수의 성능이 개선되었습니다.
설명 및 배향의 수의 최소값은 이제 표 및 XML 출력 (이전 blastall 응용 프로그램의 동작과 일치)에 사용된다.
버그 수정 :
Makeblastdb 및 파싱 blastdbcmd 문제, 보관, 시퀀스 식별자를 검색.
표 출력의 대상 식별자가 없습니다.
무시 -num_alignments 및 -num_descriptions Blast_formatter
폭발 아카이브 형식은 여러 쿼리로 잘못 저장 될 수있다.
Blast_formatter는 불필요한 네트워크 연결을 설립했다.
Blast_formatter 제대로 정보를 마스킹 저장하지 않았다.
많은 시퀀스를 검색하는 경우 Rpstblastn이 충돌 할 수 있습니다.
색인 megablast 멀티 스레드 모드에서 실행되지 않습니다.
psiblast 저장 한 PSSM에서 쿼리 제목이 저장되지 않았습니다.
여러 쿼리 또는 대형 데이터베이스 시퀀스와 멀티 스레드 모드에서 실행 가능한 오류가 발생했습니다.
TBLASTN은 경기를 놓칠 수있는 데이터베이스 마스킹으로 실행됩니다.
defline에 여분의 공백 시퀀스 입력에 대한 잘린 출력
에서라도 10.5에서라도 바이너리에 문제가

이 버전 2.2.24의 새로운 기능 :

는 blast_formatter으로 검색 독립형 BLAST의 포맷을 다시 허용하는 BLAST 아카이브 형식을 소개합니다.
그것은 BLAST 데이터베이스의 번역 대상 부드러운 마스크에 대한 지원을 추가합니다.
그것은 BLAST 추적 백 작업 (btop) 출력 형식에 대한 지원을 추가합니다.
그것은 사용할 수 BLAST 데이터베이스를 나열하는 blastdbcmd하는 명령 줄 옵션을 추가합니다.
원격 BLAST 검색의 형식의 향상된 성능을 제공합니다. 메모리 상태 중 일관된 종료 코드를 사용합니다.
여러 공백으로 구분 된 BLAST 데이터베이스와 인덱스 megablast의 버그에 대한 수정.

이 버전 2.2.19의 새로운 기능 :

이 BLASTDB 환경 변수는 현재 여러 데이터베이스 검색 경로를 지원합니다. 가능하면 작은 단백질 룩업 테이블은 성능을 개선하기 위해 사용된다.
formatrpsdb 이제 2G보다 데이터베이스가 큰 작성을 지원합니다.
seedtop 지금 GI 목록과 검색을 지원합니다.
BLASTN / megablast의 X3 값이 수정되었습니다.