는 화학 개발 키트 (또한 CDK라고도 함)하는 플랫폼 독립적, 무료로 배포하고 오픈 소스 라이브러리 소프트웨어는 특히 구조 생물 정보학, 화학 정보학 및 전산 화학 자바로 구현 및 설계.
이 프로젝트는 코드를 재사용하여 많은 시간과 노력을 절약 할 프로그래머를 위해 특별히 맞춘 다양한 유용한 알고리즘과 데이터 구조를 포함한다. 화학 개발 키트는 최종 사용자에 의해 사용되도록 설계되지 않는다.
한눈에 특징
주요 기능은 독서에 대한 지원 및 쓰기 화학 데이터 형식, 지원 QSAR에 대한 화학 구조, 지원을 렌더링 포함 (정량적 구조 중 & ndash; 활성 관계). 설명뿐만 아니라, 화학 그래프 이론을지지하기위한 기본 알고리즘을
는 사용자의 편의를 위해 응용 프로그램이 JAR 파일 형식으로 미리 만들어진 바이너리로 배포됩니다. 프로젝트에서 사용하려면, 단순히 당신이 또한 프로그램 했음를 찾을 수있는 곳, 위의 링크를 사용하여 Softoware의 최신 안정 버전을 다운로드;.의 소스 타르볼을
프로그래머가 소스에서 프로그램을 컴파일하는 방법에 대한 자세한 정보를 찾을 수 있습니다, 다양한 테스트뿐만 아니라 tar.gz의 압축 파일 내부에 위치되어있는 Readme.txt 파일에서 다른 프로그램에서 사용하는 방법을 실행하는 방법에 대해 설명합니다.
후드 및 지원되는 운영체제에서
는 CDK의 후드 아래 살펴보면 (화학 개발 키트) 소프트웨어, 우리는 그것을 Java 프로그램 언어로 작성되었다고 말할 수 있습니다.
현재, 그것은 GNU / 리눅스, 마이크로 소프트 윈도우 및 Mac OS X 운영 체제의 32 비트 및 64 비트 풍미와 완벽하게 호환됩니다. 자바 개발 키트 (JDK) & NBSP; 그러나, 자바 런타임 환경 (JRE) & NBSP에서 지원하는 모든 OS에서 작동합니다 기술을
무엇이 릴리스의 새로운 기능입니다.
는 IAtomcontainer의 공식적인 요금이 IMolecularFormula에 옮겼다된다
gasteiger 요금 계산에서 오래 된 채권 배열로 설정 2787332 버그 수정
SMARTSQueryTool 지금 CONSTRUC에 TokenMgrError을 잡는다 버그 2788357를 해결하기 위해 업데이트
추가 된 새로운 태그 렛은 망할 놈의 repo에서 소스에 cdk.githash 태그와 링크 Javadoc과를 처리하는
업데이트 cdk.svnrev 태그는 태그를 cdk.githash하기
Bug_2787332. 트리클로산 분자에 대한 추가 시험 (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
제거되지 않는 렌더러 코드 : 사용 CDK-1.0.x의 또는 jchempaint-주 중 하나
파서 테스트 스위트의 버그 2786624에 대한 추가 시험
PMD 페이지에 추가 링크
JUnit을 통계에 추가 링크
박 @ 펠레에 링크 모듈의 클래스의 목록을 추가
모듈 HTML 페이지를 생성하기위한 설정 첨가
모듈 HTML 페이지를 생성하기위한 설정 첨가
이 버전 1.5.10의 새로운 기능 :
는 IAtomcontainer의 공식적인 요금이 IMolecularFormula에 옮겼다된다
gasteiger 요금 계산에서 오래 된 채권 배열로 설정 2787332 버그 수정
SMARTSQueryTool 지금 CONSTRUC에 TokenMgrError을 잡는다 버그 2788357를 해결하기 위해 업데이트
추가 된 새로운 태그 렛은 망할 놈의 repo에서 소스에 cdk.githash 태그와 링크 Javadoc과를 처리하는
업데이트 cdk.svnrev 태그는 태그를 cdk.githash하기
Bug_2787332. 트리클로산 분자에 대한 추가 시험 (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
제거되지 않는 렌더러 코드 : 사용 CDK-1.0.x의 또는 jchempaint-주 중 하나
파서 테스트 스위트의 버그 2786624에 대한 추가 시험
PMD 페이지에 추가 링크
JUnit을 통계에 추가 링크
박 @ 펠레에 링크 모듈의 클래스의 목록을 추가
모듈 HTML 페이지를 생성하기위한 설정 첨가
모듈 HTML 페이지를 생성하기위한 설정 첨가
이 버전 1.2.2의 새로운 기능입니다 :
이 고정 링크. 경로가 여전히 단일 박 인스턴스에 하드 코딩되어 있지만, 우리 모두 나이틀리을 통해 물건을 요약 아직 XML 프레임 워크를 가지고 있지 않는 한 차선 (실행
업데이트 버전 번호
IAtomContainers을 보장하기 위해 추가 테스트가 IMoleculeSet.add를 통해에 몰래되지 않습니다 (IAtomContainerSet)
도 IllegalArgumentException을 던져 비 IMolecule이 전달 덮어 쓰기 addAtomContainer (IAtomContainer 두 번)
지금은 IMolecule 아닌 IAtomContainer를 저장하기 위해 시도되는 IllegalArgumentException를 슬로우
# 2784182에 대한 추가 단위 테스트
레 세르 핀과 새로운 테스트
스레드 안전에 대한 추가 렛
하나의 원자 이하로, 우리가 필요로 더 분할이 없기 때문에,이 연결을 정의 (수정 # 2784209, 아니 원자 IAtomContainer에 NullPointerException이)
현재 실패 버그 # 2784209에 대한 추가 단위 테스트
명시 적 org.openscience.cdk 패키지 이름의 더 제거 : 절을 던졌습니다
명시 적 org.openscience.cdk 패키지 이름의 추가 제거
명시 적 org.openscience.cdk 패키지 이름의 더 제거 : 새로운 org.openscience.cdk.Foo에 대한 () 호출
제거 명시 적 org.openscience.cdk.interfaces 패키지 이름 (수정 # 2783549)
datadebug 모듈 org.openscience.cdk를 들어, 수입에 찬성하여, 명시 적으로 패키지 이름을 제거 (수정 # 2783549)
데이터 모듈에 org.openscience.cdk를 들어, 수입에 찬성하여, 명시 적으로 패키지 이름을 제거 (수정 # 2783549)
AllRingsFinder에 재귀 옵션의 브레이크 아웃
문자열 원소 식으로부터 추출 충전.
문자열 원소 식으로부터 추출 충전.
질량의 컨트롤러 범위 밖으로 때
지능적으로 PLANAR3 N에 H의를 추가하는 업데이트, 버그 2781199를 해결
버그 2781199에 대한 추가 테스트 케이스
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
catch 블록 내에서 CDKException 생성자 호출 이제 스택 추적을 보존하기 위해 루트 예외를 포함
SD 필드를 보장하기 위해 단위 테스트를 추가 한 모든 분자 읽기
테스트를 분할
새 파일
CML 독서에 대한 더 많은 테스트
# 1848591에 대한 추가 단위 테스트 : 잘못된 Murcko 프레임 워크
고정 캐스팅, 중복 전체 패키지 이름을 제거
# 2692107에 대한 추가 단위 테스트
고정 오타 : 누락 된 'S'
이 버전 1.2.1의 새로운 기능 :
이 조정 버그 2714283, 반지가 제대로 닫혀 있지 않을 때 제대로 예외가 발생합니다. 링이 적절한 링 번호를 폐쇄하지 않을 경우, InvalidSmilesException가 발생합니다. 일광 동작을 일치
조정 버그 2729120 및 추가 단위 테스트
업데이트 된 의견은 버그 2768643를 수정합니다.
그것에 대한 버그 2719237. 만든 getBondOrderSum 정적, 추가 단위 테스트에 대한 부분 수정
오타 : proteinl -한다 단백질
제 클래스 공개, 빌드에 추가 unbreak에 / *. javafiles
부분적으로 R0에 대한 일치하는 SMARTS를 해결했습니다. 업데이트 대상 분자 초기화 명시 R0가 지정된 경우 명시 적 검사를 수행하지 고리 원자 및도 업데이트 RingMembership 원자를 표시한다. 일부 버그 2587204를 해결
고정 반신 반의 평등 테스트. 개인 방법은 참조를 통해 두 개체를 확인 하였다. 그들이 널 (null) 일 때 괜찮 았는데. 우리는 값으로 비교해야 할 때 실패합니다. 코드 계정으로 가져가 업데이트됩니다. 첨가 유닛 테스트 (및 테스트 할 수 있도록 상기 방법은 보호 제조)
추가 시험 방법 주석. 데이터 모듈에 대한 범위를 완료
리팩토링 ChiIndexUtils는 개인 패키지 확인합니다. 이 단지 카이 설명 코드에 의해 사용되기 때문에, 공개 API를 정리합니다. 모든 종속 클래스를 업데이트했습니다. 이전 테스트 코드 (필요에 가득합니다!)뿐만 아니라
ChiIndexUtils의 코드 정리. 1.5 숙어로 변환
그 핵심이 완전히 덮여있다, 그래서 PathTools의 정리 및 시험 방법 주석을 추가
이전이 cdk.keyword 라인을 편집 커밋 고정이 아닌 cdk.module 라인
사용의 일관성 키워드
정수 객체는 값이 아닌 참조를 기준으로 비교되어 있는지 확인하는 테스트를 추가
직렬화 된 객체를 사용하는 경우 테스트 케이스를 추가하면 해당 원자 컨테이너 차이점이 올바른지 확인
실제로 오히려 Integer 객체의 참조보다 정수 값을 확인하도록 IntegerDifference가 수정되었습니다. 객체가 원래의 객체와 일치하지 않는 디스크로 직렬화하고 역 직렬화함으로써 문제를 수정 (즉, 비어 있지 않은 DIFF 문자열)
응용 패치 # 2675819 (스테판 쿤) : 패치 reactionSet에 removeReaction를 추가하려면
구현 대신 인터페이스를 사용하여
사용하지 않는 가져 오기를 제거
대신 IMolecule의 사용 IAtomContainer, 실제 매칭이 이미 IAtomContainers를 사용하여 그대로 (수정 # 2686249)
고정는 ClassCastException (수정 # 2685134)
추가 된 소스 ATTRIB는 우분투 뎁을 구축 해결하기
고정 도움말 빌드 시스템은 : develjar에 항아리를 도크 렛 사용 /; 새로운 src 폴더의 SRC / 주요 업데이트; 의 rt.jar의 제거 아주 오래된 사용
제거 libdepends 실제로 libdepends을 가지고 있지 않는, 테스트 ioformats을 위해 포함
목표 원자 (예 : 의사 원자 등)에는 기호가없는 경우 즉, 일치 (오히려 NPE보다) false를 반환하도록 업데이트
# N의 고정 적절한 처리는 querys를 SMARTS
버그 2686473에 대한 추가 테스트 케이스
개미 1.7.1에 추가 된 노트가 필요합니다
NPE 소스 수정 : '널 (null) == 2'예외가 발생, 그래서 nullness에 대한 첫 번째 테스트
2009 년 고정 저작권 표시
만 SDG 모듈에 속하는 레이아웃 템플릿 수정 중복 저장이 아닌 별도의 모듈도
../../git-svn/cdk의 지점 'local1.2을'병합
이 버전 1.2.0의 새로운 기능 :
이 몇 SMARTS 구문 분석 문제 nmap은 두 개의 문자 기호 및 IPseudoAtom의 사용을 수정하고, 4 개의 새로운 원자 유형 정의를 추가, 요오드와 황합니다.
이 버전 1.1.5의 새로운 기능입니다 :
이 주로 버그 수정.
이 버전 1.1.4의 새로운 기능입니다 :
이 대부분 작은 버그 수정.
이 버전 1.1.1의 새로운 기능입니다 :
이 대부분 작은 버그 수정 및 일반적인 코드를 정리.
이 버전 1.1.0의 새로운 기능입니다 :
이 많은, 많은 변화.
이 요구 사항 :
이 자바 2 스탠다드 에디션 런타임 환경
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