새로운 생물 정보학 에 Linux

STEPS는 임의의 복잡한 3D 형상의 반응 - 확산 시스템의 정확한 확률 적 시뮬레이션을위한 패키지입니다. 우리의 핵심 시뮬레이션 알고리즘은 길레스피의 SSA의 구현, 3D 사면체 메쉬의 요소를 분자의 확산에 대처하기 위해 확장.그것은 주로 수상 돌기 및 시냅스 주변 신경 신호 전달 경로의 상세한 모델을 시뮬레이션하기 위해 개발되었지만, 그것은 일반적인 도구와 공간적 기울기 및 형태가 역할을하는 것으로 생각되는 임의의 생화학 적 경로를 연구에 사용될...

NEO (신경 앙상블 개체)과 함께 더 가까이 비슷한 목표와 OpenElectrophy, NeuroTools 어쩌면 다른 프로젝트를지고의 목표로, 신경 데이터 분석에 사용되는 기본 클래스의 공통 집합을 제공하는 프로젝트입니다.두 가지 주요 목적은 지금까지 정의되어 있습니다 :& NBSP; * 첫 번째 이정표는 전기 생리 학적 (생체 내 및 / 또는 시뮬레이션) 데이터를 처리하기위한 공통의 클래스 이름과 개념을 정의하는 것입니다.& NBSP; * 두 번째...

는 OpenElectrophy 조작, 저장 및 전기 생리 데이터의 분석을 용이하게하기위한 프레임 워크이다. 그것은 많은 다른 파일 형식에서 데이터를 가져올 단일 SQL 형 데이터베이스에 저장할 수 있습니다.OpenELectrophy에 포함 된 분석 툴은 진동 감지 및 검출 스파이크이다. 또한 분석은 쓸 수 있지만 OpenElectrophy 매우 데이터베이스 및 조작에 유용한 데이터의 질의를 용이하게 클래스와 함수의 라이브러리를 제공합니다. 스크립트...

이탄, 캡처 예측하고 단백질의 생물 물리학 적 특성을 분석하는 일련의 프로그램이다.문서, 지침, 스크린 샷 등을 위해 http://enzyme.ucd.ie/PEAT를 참조하십시오 이 요구 사항 : 있습니다. ...

는 버로우즈 - 휠러 얼 라이너 (BWA)는 예컨대 인간 게놈으로 긴 레퍼런스 시퀀스에 대해 상대적으로 짧은 뉴클레오티드 서열 정렬 효율적인 프로그램이다.이 소프트웨어는 두 알고리즘, BWA-짧고 BWA-SW를 구현합니다. 쿼리에 대한 이전의 작품은 200bp보다 짧은 주위 100kbp까지 긴 시퀀스에 대한 후자의 시퀀스.두 알고리즘 모두는 갭 첨부 정렬을한다. 그들은 일반적으로보다 정확하고 빠른 낮은 오류율 쿼리에 있습니다. 자세한 내용은 BWA...

. SSuMMo는 분류군에 시퀀스를 할당 할 HMMER를 사용하여 주위에 반복적으로 설계 기능 & NBSP의 라이브러리입니다, 결과는 그 지역 사회 내 종 / 속 분포를 보여주는 매우 주석 나무입니다.소스 코드에 포함 된 프로그램 도구를 포함한다 : -- 숨겨진 마르코프 모델의 계층 데이터베이스 구축 - dictify.py을;- 인식 분류 학적 이름 시퀀스를 할당 - SSUMMO.py을;- 심슨, 섀넌 및 다른 methods-...

흘러도 바이너리 데이터 파일을 읽기위한 파이썬 API가 망둥이 차세대 데이터 관리 프레임 워크를 사용하여 만든 것입니다.일반적으로,이 디렉토리의 완전한 무지 패키지의 일부로 사용할 수 온다 :& NBSP; HTTP : //goby.campagnelab.org/전체 패키지는 Java 소스 코드가 포함되어 있습니다. 당신이 PyPI 또는 다른 파이썬 고유의 소스에서이 패키지를 다운로드 한 경우, 당신은 코드 만 파이썬 부분을 받았습니다 수 있습니다.개발...

PySCeS는 분자 세포 생리학 & NBSP의 트리플 J 그룹에 의해 개발 된 프로젝트입니다 모델을 시도하고 살아있는 세포를 구성하는 복잡한 프로세스와 시스템을 이해하기 위해 이 특징 :. 텍스트 기반 모델 기술 언어.구조 해석 모듈.시간 시뮬레이션을위한 통합정상 상태 분석을위한 비선형 솔버신진 대사 작용 분석을 수행하는 모듈여러 정상 상태를 나타내는 시스템 분기 모듈매개 변수 검사, 데이터 출력 및 플로팅에 대한 추가 해주는 유틸리티의...

. Pysam 읽기와 Samfiles를 조작 & NBSP위한 파이썬 모듈이다 그것은 samtools의 C-API의 경량 래퍼.빠른 시작 가이드는 여기에있다. 더 자세한 설명서는 여기에서 확인하실 수 있습니다.질문과 의견은 매우 환영이 릴리스의 새로운 기능입니다 http://groups.google.com/group/pysam-user-groupWhat에서 pysam 사용자 그룹에 전송해야합니다 samtools 0.1.8 및 tabix 지원 이 요구...

. TRMiner 파이썬 과학적 데이터 큐레이터 목표로 유틸리티 & NBSP이다 그것은 급속하게 주어진 광산 목표에 대한 관련 문장에 과학 출판물의 큰 컬렉션을 치기 할 수 있습니다.이것은 두 단계로 이루어진다. 첫째, 텍스트 관련 단어 토큰의 시퀀스로 tranlated된다. 둘째, 정규 표현식 패턴은 토큰의 순서로 검색됩니다. 일치는 자연 언어 문장으로 다시 번역 및 수동 큐레이터가 정렬하고 그 외의 읽을 거리 및 정보 추출을위한 속도 일치 할 수...