edittag

edittag은 플랫폼 별 시퀀싱 어댑터와 PCR 프라이머로 서열 태그를 편집 메트릭 시퀀스 태그 세트를 디자인 편집 메트릭 형태에 대한 일련의 태그를 확인하고, 통합에 대한 응용 프로그램 모음입니다. edittag는 다른 접근 방식과 다릅니다
& NBSP; * edittag 멀티 프로세싱을 사용하여 적절한 시간 프레임 편집 - 메트릭 시퀀스 태그의 임의의 길이를 생성
& NBSP; * edittag 편집 메트릭 시퀀스 태그 세트를 선택한 편집 거리를 준수 생산
& NBSP; * edittag 사용 primer3은 PCR 프라이머에 순서 태그를 통합하는
우리는 다음과 같은 형식으로 edittag를 사용하여 설계 편집 메트릭 시퀀스 태그의 여러 대형 세트를 제공합니다 :
& NBSP; * 텍스트 -이 파일은 check_levenshtien_distance.py에 대한 적절한 형식으로되어 있습니다
& NBSP; * CSV
& NBSP; * SQLite 데이터베이스
소환
Faircloth BC, 글렌 TC. 편집 - 메트릭 순서 식별의 대형 세트
대규모의 태그로부터 판독 대규모 멀티플렉싱을 용이
병렬 시퀀싱. doi_
설치 :
easy_install을
easy_install을 edittag
tar.gz의
wget을 package.tar.gz
타르 -xzf package.tar.gz
파이썬 setup.py 설치
저장소
자식 복제 자식 : //github.com/baddna/edittag.git edittag
옵션 패키지 (PY-levenshtein)
wget을 http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
타르 -xzvf 파이썬 Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
파이썬 setup.py 설치
옵션 패키지 (primer3)
당신이 편집 메트릭 순서 태그를 포함 프라이머를 설계하고자하는 경우, 먼저 primer3의 수정 된 버전을 설치해야합니다 :
자식 복제 자식 : //github.com/baddna/mod-primer3.git
CD의 모드 - primer3 / SRC
확인
설치한다
당신이 당신의 경로에 위치 모드 - primer3에서 바이너리를 이동하는 것이 확인합니다 (적어도 primer3 길이의 이동 경로에있는 같은 디렉토리에 primer3_config). 그런 다음

이 요구 사항을 실행할 수 있습니다

이 파이썬
NumPy와
Levenshtein
모드 - primer3