CodonW

CodonW 코돈과 아미노산 사용의 다변량 분석 (대응 분석)을 단순화하기위한 프로그램이다. 또한 코돈 사용의 기준 지수를 산출한다. 이 메뉴와 명령 줄 인터페이스를 모두 가지고있다.
CodonW 프로젝트는 폴 샤프, 유전학의 부서, 노팅엄 대학의 실험실에서 존 Peden에 의해 작성되었습니다. 요한은 인간 유전학에서 일하고 현재 옥스포드 대학에서 WTCHG에서 ProCardis 데이터베이스 관리자로 사용된다.
여기에 "CodonW"의 일부 주요 기능은 다음과 같습니다
· ANSI 규격 C로 작성
· 메뉴 구동
· 명령 줄 옵션의 광대 한 수
· 유전 코드 독립적
에 · 없음 제한 없음
순서 1. 수
2. 시퀀스 길이
· 코돈 사용 지수를 계산
1. CAI : 코돈 적응 지수
2. FOP : 최적의 코돈의 주파수
3. 노스 캐롤라이나 : 코돈의 효과적인 수
4. CBI : 코돈 바이어스 색인
· 아미노산 지수를 계산
1. 국물 점수
2. 방향성
·의 일치 성 분석을 계산
1. 코돈 사용
2. RSCU (상대 동의어 코돈 사용)
3. 아미노산 사용
· 대응 분석
1. / 포함 코돈 / 아미노산을 제외 할 수 있습니다
2. 동향의 자세한 보고서를 생성 할 수 있습니다
3. 시도는 자동으로 최적의 코돈을 확인하기
4. 추가 데이터를 허용 할 수는 추가 될 세트
5. 임​​의의 수의 추이를 기록
· 유전자 파라미터를 계산
1. 유전자 길이
2. GC, GC3s 및 코돈 위치 특정 G + C
3. 뉴클레오티드 성분 (세 코돈 프레임)
4. 아미노산 사용
5. 상대 아미노산 사용량
6. 코돈 사용
7. 상대의 대명사 코돈 사용
· 수는 개념적으로 단백질 서열을 변환
· 시퀀스 데이터가 다시 포맷
· 인간 또는 기계 판독 출력
· (보존 독서 프레임 동안) 유전자를 연결할 수 계산하기
1. 전체적인 코돈 사용
2. GC 내용
3. 디 뉴클레오티드 조성
· 코돈의 테이블, 아미노산, 또는 RSCU 사용을 생성
· 심지어는 유전자 코드를 배울 수 있습니다.
·보다